问：我公司投资了一个有限合伙企业，出资人有自然人及企业。合伙协议中约定了利润分配比例。请问：
1、有限合伙企业流转税及所得税应如何计算、申报及缴纳？账务应如何处理？
2、合伙企业与我公司不在同一城市，应在何地申报合伙企业所得税？
答：《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[2008]159号）*9条规定，本通知所称合伙企业是指依照中国法律、行政法规成立的合伙企业。
第二条规定，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。
第三条规定，合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。具体应纳税所得额的计算按照《财政部、国家税务总局关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税[2000]91号）及《财政部、国家税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》（财税[2008]65号）的有关规定执行。
前款所称生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得（利润）。
第四条规定，合伙企业的合伙人按照下列原则确定应纳税所得额：
（一）合伙企业的合伙人以合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。
（二）合伙协议未约定或者约定不明确的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人协商决定的分配比例确定应纳税所得额。
（三）协商不成的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人实缴出资比例确定应纳税所得额。
（四）无法确定出资比例的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人数量平均计算每个合伙人的应纳税所得额。
合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人。
第五条规定，合伙企业的合伙人是法人和其他组织的，合伙人在计算其缴纳企业所得税时，不得用合伙企业的亏损抵减其盈利。
第六条规定，上述规定自2008年1月1日起执行。此前规定与本通知有抵触的，以本通知为准。
参考《湖北省地方税务局关于企业所得税有关政策执行口径的通知》（鄂地税发[2009]4号）第六条关于合伙企业中企业法人合伙人的纳税地点问题规定：
合伙企业生产经营所得和其他所得按“先分后税”的原则处理。合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。根据企业所得税法规定，居民企业之间的股息红利等权益性投资收益为免税收入，为防止税收流失，合伙企业中法人和其他组织应缴纳的企业所得税由合伙企业的主管税务机关负责征收管理。
根据上述规定，合伙企业中的法人合伙人应缴纳企业所得税，采取“先分后税”的原则，按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额，计税时生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得（利润）。纳税地点应为合伙企业所在地。
合伙企业为独立的流转税纳税人。
会计处理建议计入长期股权投资，缴纳的企业所得税计入所得税费用。
再问：合伙企业生产经营所得和其他所得按“先分后税”的原则处理，应如何理解？如果没有分配是否不用缴税，分配时再缴纳？
答：财税[2008]159号文件所说的“先分后税”原则，即是指对合伙企业的生产经营所得和其他所得按照《财政部、国家税务总局关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税[2000]91号）、《财政部、国家税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》（财税[2008]65号）、《财政部、国家税务总局关于调整个体工商户业主个人独资企业和合伙企业自然人投资者个人所得税费用扣除标准的通知》（财税[2011]62号）的有关规定调整计算出应纳税所得额后进行分配，分配原则依财税[2008]159号第四条的规定执行。
同时财税[2008]159号文件第三条第二款规定：“前款所称生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得（利润）。”
因此，合伙企业的所得，无论是否分配，是在当年分配还是以后年度分配，均应在当期纳税年度内申报缴纳所得税。不能按照合伙企业分得的利润来确定应纳税所得额，也不能按照合伙企业年度实现利润按投资比例计算分得利润来确定应税所得额，而应根据合伙企业会计利润进行调整后计算出的应纳税所得额来确定。
假如根据合同约定，两合伙人按“五五”比例进行分配，当年该合伙企业会计利润为35万元，经调整后应纳税所得额为120万元，当年分配给你公司10万元，按比例应归属于你公司的应纳税所得额为60万元，以此为基数计税企业所得税。这里不仅包括合伙企业当年分给你公司的10万元，还包括留存在合伙企业的扣除分回利润后的留存所得50（60-10）万元。由此，你公司应纳税所得额既不是根据会计利润计算的35（70÷2）万元，也不是按合伙企业分回的10万元来确定，而是按60万元来确定。