问：我公司下属一分公司，非法人单位，独立纳税主体，销售货物给甲公司产生应收账款400万元，由分公司开具增值税发票给甲公司。而总公司又欠甲公司原料款500万元，甲公司开具增值税发票给我总公司。能否签订三方抵债协议，分公司把债权通过内部往来转到总公司，由总公司直接对甲公司，把差额结算给甲公司？
答：《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发[1995]192号）*9条第（三）款规定，购进货物或应税劳务支付货款、劳务费用的对象。纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。
对一般纳税人购进货物所取得增值税专用发票的开具单位与所支付款项的单位不一致时，其进项税额是否可以申报抵扣的问题。
《河北省国家税务局关于印发〈增值税若干问题处理意见〉的通知》（冀国税发[2000]29号）规定，按国税发[1995]192号文规定：纳税人购进货物或应税劳务支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。考虑到目前企业经营方式的多样性以及三角债务的大量存在，所以，在要求企业规范货款支付方向的同时，可由企业申报经县级税务机关严格审核把关，对情况属实者暂允许抵扣进项税额。
根据上述规定，企业发生真实交易由于三角债务原因，货款支付方向不一致，可向主管税务机关申报经县级税务机关核准后，对情况属实者暂允许抵扣进项税额。