问：我公司为分支机构，所得税由总部在北京汇算清缴。现在我公司主管国税局对我公司进行所得税检查，查补的所得税和滞纳金等在哪里缴纳？另外，如果总部亏损，是否应有查补所得税？
答：《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）第二十二条规定，总机构在年度终了后5个月内，应依照法律、法规和其他有关规定进行汇总纳税企业的所得税年度汇算清缴。各分支机构不进行企业所得税汇算清缴。
当年应补缴的所得税款，由总机构缴入中央国库。当年多缴的所得税款，由总机构所在地主管税务机关开具"税收收入退还书"等凭证，按规定程序从中央国库办理退库。
第三十八条规定，各分支机构主管税务机关应根据总机构主管税务机关反馈的《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》，对其主管分支机构应分摊入库的所得税税款和计算分摊税款比例的3项指标进行查验核对。发现计算分摊税款比例的3项指标有问题的，应及时将相关情况通报总机构主管税务机关。分支机构未按税款分配数额预缴所得税造成少缴税款的，主管税务机关应按照《税收征收管理法》及其实施细则的有关规定对其处罚，并将处罚结果通知总机构主管税务机关。
根据上述规定，贵公司未按税款分配数额预缴所得税造成少缴纳税款的，贵公司所在地主管税务机关可对贵公司进行处罚，同时税务机关应将处罚结果通知总部主管税务机关。查补的所得税款和滞纳金应由总部统一缴纳。