问：我公司于2006年5月自建完工商场一座，随即投入使用，对外租赁收取租金，建筑面积为42000平方米，总造价为1.4亿元。现拟将该商场以3亿元价格购转让，在转让时应如何计算土地增值税加计扣除项目？
答：《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）第七条规定，新建房是指建成后未使用的房产。凡是已使用一定时间或达到一定磨损程度的房产均属旧房。使用时间和磨损程度标准可由各省、自治区、直辖市财政厅（局）和地方税务局具体规定。
参考《海南省地方税务局关于土地增值税有关问题的通知》（琼地税发[2009]104号）规定，二手房、房地产开发企业所开发的商品房已转为自用，作为固定资产核算的房产、非房地产开发企业自建自用超过一年的房产，均适用转让旧房的土地增值税政策。
根据上述规定，贵公司转让2006年5月自建商场，属于转让旧房。应按转让旧房规定计缴土地增值税，不涉及加计扣除事项。
《土地增值税暂行条例实施细则》第七条规定，条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：
（四）旧房及建筑物的评估价格，是指在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。评估价格须经当地税务机关确认。
（五）与转让房地产有关的税金，是指在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、印花税。因转让房地产交纳的教育费附加，也可视同税金予以扣除。
《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）第二条规定，纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条第（一）、（三）项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不作为加计5%的基数。
对于转让旧房及建筑物，既没有评估价格，又不能提供购房发票的，地方税务机关可以根据《税收征收管理法》第35条的规定，实行核定征收。
《四川省地方税务局、四川省财政厅关于土地增值税征管问题的公告》（四川省地方税务局公告2010年第1号）第二条规定，根据国税发[2010]53号文件规定，对纳税人开发的房地产项目确需核定征收的，要严格按照税收法律法规的要求，从严、从高确定核定征收率，核定征收率不低于5%.
根据上述规定，贵公司转让自建商场，应以该商场经主管税务机关确认的评估价格，和转让房地产有关的税金作为扣除项目。贵公司不能取得评估价格或者评估价格未经税务机关确认的，税务机关可实行核定征收，核定征收率不低于5%.