问：《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）*9条规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的，以分期项目为清算单位。开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。
另外，《土地增值税实施细则》第八条规定，土地增值税以纳税人房地产成本核算项目或核算对象为单位计算。
如果以连体楼盘（上面为普通住宅，下面为商铺，为国家有关部门审批的房地产开发项目同一单位）为例，如何分别计算增值额？是否需要把住宅和商铺的成本分别计算，计算两个增值率？
例如：某房地产公司开发一连体楼盘，土地成本1200万元，建安成本6000万元，税金680万元。上面为普通住宅，建筑面积5000平米，销售收入6000万元；下面商铺，建筑面积1000平米，售价5000万元。如何分别计算住宅和商铺的土地增值税？
答：关于既建普通标准住宅又搞其他类型房地产开发的如何计税的问题。
《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）规定，对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用条例第八条（一）项的免税规定。
关于同一开发项目中既建造有普通标准住宅又有非普通标准住宅的分别计算问题。
《安徽省地方税务局关于土地增值税有关问题的批复》（皖地税函[2012]583号）规定，在计算土地增值税时，对同一开发项目中既建有普通标准住宅又建有非普通标准住宅（其他类型房地产）的，如纳税人在清算报告中就其普通标准住宅申请免征土地增值税，应分别计算增值额、增值率以及应缴的土地增值税；如纳税人在清算报告提出放弃申请免征普通标准住宅土地增值税权利的，应以整个开发项目为对象，统一计算增值额、增值率以及应缴的土地增值税。
同一开发项目不同类型房地产成本费用分摊。
《江苏省地方税务局关于土地增值税有关业务问题的公告》（苏地税规[2012]1号）第四条第（一）款规定，同一开发项目中建设不同类型房地产的，按该类型房地产建筑面积占该项目总建筑面积的比例分摊取得土地使用权所支付的金额和土地征用及拆迁补偿费（以下简称“土地成本”）。但对占地相对独立的不同类型房地产，应按该类型房地产占地面积占该项目房地产总占地面积的比例计算分摊土地成本。
第（二）款规定，同一开发项目中建设的不同类型房地产发生的建筑安装工程费，前期工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用，按本公告第二条所规定的核算对象分别归集。如不能按不同类型房地产分别归集的，应按照不同类型房地产的建筑面积占该项目总建筑面积比例分摊。
第（三）款规定，同一开发项目中建设的不同类型房地产应分摊的利息支出，凡能够按不同类型房地产计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实计算扣除，但*6不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。利息支出以外的其他房地产开发费用，按本条第（一）、（二）项规定计算分摊的金额之和的5%计算扣除。
凡不能按转让房地产项目不同类型房地产计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条第（一）、（二）项规定计算分摊的金额之和的10%计算扣除。
依据上述规定，房地产公司既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别计算增值额、增值率以及应缴的土地增值税。对于未分别核算的，扣除项目金额应按普通住房和非普通住房建筑面积占总建筑面积的比例分摊。如：
扣除项目（土地、建安成本）分摊比例1.2万元/m＝（1200＋6000）/（5000＋1000）。