问：甲公司是一家国有大型工业企业。经省国资委同意，准备为职工补缴1998年1月1日以来的年金。我们认真查阅了《国家税务总局关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》〔国税函（2009）694号〕及《国家税务总局关于企业年金个人所得税有关问题补充规定的公告》（国家税务总局公告2011年第9号）等文件。提出如下疑问：
1、2009年之前年度的年金是否需补缴个人所得税？
2、若需补缴，是否均以年度（而非月份）企业缴费为基数？
3、若需补缴，是否适用所属年度（而非2012年）的费用扣除标准及税率表？
答：《国家税务总举办关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》（国税函〔2009〕694号）第五条规定，本通知下发前，企业已按规定对企业缴费部分依法扣缴个人所得税的，税务机关不再退税；企业未扣缴企业缴费部分个人所得税的，税务机关应限期责令企业按以下方法计算扣缴税款：以每年度未扣缴企业缴费部分为应纳税所得额，以当年每个职工月平均工资额的适用税率为所属期企业缴费的适用税率，汇总计算各年度应扣缴税款。
因此，上述条款规定的是，通知下发前，企业已为个人缴纳年金的扣缴个人所得税事项。甲公司2012年补缴1998年1月1日以来的年金，不适用该条款的规定。
关于补缴年金个人所得税事项。按照《国家税务总局关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》（国税函〔2009〕694号）第二条规定，企业年金的企业缴费计入个人账户的部分（以下简称企业缴费）是个人因任职或受雇而取得的所得，属于个人所得税应税收入，在计入个人账户时，应视为个人一个月的工资、薪金（不与正常工资、薪金合并），不扣除任何费用，按照“工资、薪金所得”项目计算当期应纳个人所得税款，并由企业在缴费时代扣代缴。
对企业按季度、半年或年度缴纳企业缴费的，在计税时不得还原至所属月份，均作为一个月的工资、薪金，不扣除任何费用，按照适用税率计算扣缴个人所得税。
因此，甲公司在2012年补缴年金的企业缴费部分视为个人一个月的工资、薪金，不扣除费用，按“工资、薪金所得”代扣代缴个人所得税。
《国家税务总局关于贯彻执行修改后的个人所得税法有关问题的公告》（国家税务总局公告2011年第46号）*9条第（一）款规定，纳税人2011年9月1日（含）以后实际取得的工资、薪金所得，应适用税法修改后的减除费用标准和税率表，计算缴纳个人所得税。
因此，甲公司在2012年补缴年金的企业缴费部分，对员工而言，属于2011年9月1日以后实际取得的工资、薪金所得，应按修改后的减除费用标准和税率表计算。