问：甲公司将其持有的乙公司100%股权金额2000万元按溢价3000万元转让给自然人A，甲公司获取股权投资收益1000万元，并缴纳企业所得税。后自然人A又按3500万元的价款转让给自然人B，那么自然人A此次转让收益如何确认成本？
答：《国家税务总局关于个人投资者收购企业股权后将原盈余积累转增股本个人所得税问题的公告》（国家税务总局公告2013年第23号）第二条规定，新股东将所持股权转让时，其财产原值为其收购企业股权实际支付的对价及相关税费。
因此，自然人A取得乙公司100%股权的财产原值为3000万元（不考虑购入股权发生的税费）。
《国家税务总局关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函〔2009〕285号）第四条规定，税务机关应加强对股权转让所得计税依据的评估和审核。对扣缴义务人或纳税人申报的股权转让所得相关资料应认真审核，判断股权转让行为是否符合独立交易原则，是否符合合理性经济行为及实际情况。对申报的计税依据明显偏低（如平价和低价转让等）且无正当理由的，主管税务机关可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定。
因此，A再将乙公司股权对外转让时，首先应确定转让价款3500万是否符合独立交易原则，如果该价格明显偏低且无正当理由的，主管税务机关可按《国家税务总局关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告》（国家税务总局公告2010年第27号）规定的方法进行核定。
《个人所得税法》规定，财产转让所得适用比例税率，税率为百分之二十。财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
如果转让价3500万合理，A应缴纳个人所得税为：（3500-3000）×20%=100（万元）。