问：自然人甲出资100万元成立一人有限公司，经营若干年后，该公司实收资本100万元，盈余公积4万元，账面累积未分配利润12万元，此时自然人乙又投资150万元（其中50万元进资本公积），占公司总股本的50%，公司成为有限责任公司。2年后，公司实收资本200万元，资本公积50万元，盈余公积5万元，账面累积未分配利润15万元。
问题：1、以下两种情形甲乙缴个人所得税是否一致？如果乙决定把自己持有的全部股权以100万元的价格转让给丙。乙在转让股权中缴纳个人所得税如何计算？
2、如果甲决定把自己持有的全部股权以100万元的价格转让给丙。甲在转让股权中缴纳个人所得税如何计算？缴纳的税款是多少？
答：《个人所得税法》规定，财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
《个人所得税法实施条例》第八条规定，财产转让所得，是指个人转让有价证券、股权、建筑物、土地使用权、机器设备、车船以及其他财产取得的所得。
第十九条规定，税法第六条*9款第五项所说的财产原值，是指：（一）有价证券，为买入价以及买入时按照规定交纳的有关费用；（五）其他财产，参照以上方法确定。纳税义务人未提供完整、准确的财产原值凭证，不能正确计算财产原值的，由主管税务机关核定其财产原值。第二十条规定，税法第六条*9款第五项所说的合理费用，是指卖出财产时按照规定支付的有关费用。
根据上述规定，自然人乙、自然人甲转让该股权所得属于转让财产所得，自然人乙取得该有限责任公司股权的成本为150万元；自然人甲取得该有限责任公司股权的成本为100万元。
《国家税务总局关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函〔2009〕285号）第四条规定，税务机关应加强对股权转让所得计税依据的评估和审核。对扣缴义务人或纳税人申报的股权转让所得相关资料应认真审核，判断股权转让行为是否符合独立交易原则，是否符合合理性经济行为及实际情况。对申报的计税依据明显偏低（如平价和低价转让等）且无正当理由的，主管税务机关可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定。
因此，自然人乙转让该股权收入100万元，低于其取得股权的成本150万元，属于申报的计税依据明显偏低情形。如果该价格偏低不属于《国家税务总局关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告》（国家税务总局公告2010年第27号）第二条规定的正当理由情形，税务机关有权按照该公告第三条规定的方法核定股权转让收入，进而确定自然人乙转让该股权所得及应缴纳的个人所得税。
如果按被转让股权公司的净资产核定，净资产＝200+50+5+15＝270（万元）；股权转让收入为：270×50%＝135（万元），此时股权转让所得为零，自然人乙转让该股权不需缴纳个人所得税，仅就股权转让合同贴花。
同理，自然人甲转让该股权收入100万元，为平价转让股权，属于申报的计税依据明显偏低情形。如果该价格偏低且没有正当理由的，税务机关可按国家税务总局公告规定的方法核定股权转让收入，进而确定其应纳税款。
如果按被转让股权公司的净资产核定，净资产＝200+50+5+15＝270（万元）；股权转让收入为：270×50%＝135（万元）。
应纳个人所得税＝（135－100）×20%＝7（万元）（假定股权转让合同印花税忽略不计）。