问：我公司是药品经营企业，其中销售的生物制品适用《国家税务总局关于药品经营企业销售生物制品有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2012年第20号）规定，属于增值税一般纳税人的药品经营企业销售生物制品，可以选择简易办法按照生物制品销售额和3%的征收率计算缴纳增值税。现在，我的客户有两种情况：一种客户没有选择简易征收，要求我公司开具增值税专用发票用于抵扣。
请问我公司能否开具3%的增值税专用发票？另一种客户选择了简易征收，也要求开具增值税专用发票，由于适用简易征收不得抵扣进项税，该客户取得专用发票后可能抵扣了其他非简易征收的经营项目，税务机关协查后能否据此判定我公司非法开具增值税专用发票？
答：《国家税务总局关于增值税简易征收政策有关管理问题的通知》（国税函〔2009〕90号）*9条关于纳税人销售自己使用过的固定资产中规定：（一）一般纳税人销售自己使用过的固定资产，凡根据《财政部、 国家税务总局关于全国实施增值税转型改革若干问题的通知》（财税〔2008〕170号）和财税〔2009〕9号文件等规定，适用按简易办法依4%征收率减半征收增值税政策的，应开具普通发票，不得开具增值税专用发票。
第二条规定，纳税人销售旧货，应开具普通发票，不得自行开具或者由税务机关代开增值税专用发票。
第三条规定，一般纳税人销售货物适用财税〔2009〕9号文件第二条第（三）项、第（四）项和第三条规定的，可自行开具增值税专用发票。
《财政部、国家税务总局关于部分货物适用增值税低税率和简易办法征收增值税政策的通知》（财税〔2009〕9号）第二条规定，下列按简易办法征收增值税的优惠政策继续执行，不得抵扣进项税额：（三）一般纳税人销售自产的下列货物，可选择按照简易办法依照6%征收率计算缴纳增值税：……
（四）一般纳税人销售货物属于下列情形之一的，暂按简易办法依照4%征收率计算缴纳增值税：1.寄售商店代销寄售物品（包括居民个人寄售的物品在内）；2.典当业销售死当物品；第三条规定，对属于一般纳税人的自来水公司销售自来水按简易办法依照6%征收率征收增值税，不得抵扣其购进自来水取得增值税扣税凭证上注明的增值税税款。
根据上述规定，药品经营企业销售生物制品若选择简易办法计算缴纳增值税，不得抵扣进项税额，但可自行开具增值税专用发票（不包括销售自己使用过的固定资产）。
一般纳税人取得按照简易办法3%自行开具的增值税专用发票，可以按规定抵扣进项税额。