问：对于以前年度员工应扣未扣个人所得税，发现后补缴个人所得税，需要税务机关要加收滞纳金吗？若需要收滞纳金，应由代扣代缴企业承担，还是应由员工个人承担？
答：《国家税务总局关于行政机关应扣未扣个人所得税问题的批复》（国税函〔2004〕1199号）第三条关于应扣未扣税款是否加收滞纳金的问题规定：
按照《征管法》规定的原则，扣缴义务人应扣未扣税款，无论适用修订前还是修订后的《征管法》，均不得向纳税人或扣缴义务人加收滞纳金。
根据上述政策，扣缴义务人应扣未扣个人所得税，不需要缴纳滞纳金，不存在您说的由谁承担问题。
再问：国税函〔2004〕199号文件一般企业适用么？我单位是企业，应税务局自查要求，在补缴应扣未扣个税时，税局已让缴纳滞纳金了，这种情况下，有没有相关规定明确，应扣未扣税款滞纳金是由扣缴义务人承担还是由纳税人承担？
答：《国家税务总局关于行政机关应扣未扣个人所得税问题的批复》（国税函〔2004〕1199号）规定：
广西壮族自治区地方税务局：
你局《关于行政机关应扣未扣个人所得税法律责任问题的请示》（桂地税报〔2004〕45号）收悉，经研究，现批复如下：
一、关于个人所得税扣缴义务人的认定问题
根据《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称《个人所得税法》）第八条规定，行政机关是个人所得税的扣缴义务人，其向职工支付工资、奖金、补贴及其他工资薪金性质的收入，应依法代扣代缴个人所得税。
二、关于扣缴义务人应扣未扣税款的法律责任问题
2001年5月1日前，对扣缴义务人应扣未扣税款，适用修订前的《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称《征管法》），由扣缴义务人缴纳应扣未扣税款；2001年5月1日后，对扣缴义务人应扣未扣税款，适用修订后的《征管法》和《国家税务总局关于贯彻〈中华人民共和国税收征收管理法〉及其实施细则若干具体问题的通知》（国税发〔2003〕47号），由税务机关责成扣缴义务人向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
三、关于应扣未扣税款是否加收滞纳金的问题
按照《征管法》规定的原则，扣缴义务人应扣未扣税款，无论适用修订前还是修订后的《征管法》，均不得向纳税人或扣缴义务人加收滞纳金。
国税函〔2004〕1199号文件，虽然只是对行政机关应扣未扣个人所得税问题的批复，该文件*9条明确行政机关也为扣缴义务人，第二条和第三条明确的是法律责任及滞纳金加收问题，此二条并不只是针对行征机关应扣未扣的法律责任及滞纳金加收问题，是针对所有扣缴义务人的，况且税法的适用不能因是行政机关或一般企业而有所区别，因此，这个规定也是适用一般企业作为扣缴义务人的。部分地区对此也做出明确规定，如《广东省地方税务局关于扣缴义务人应扣未扣个人所得税滞纳金问题的批复》（粤地税函〔2006〕226号）规定：“按照修订后的《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称《征管法》）第六十九条”扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款“以及修订前的《征管法》四十七条”扣缴义务人应扣未扣、应收未收税款的，由扣缴义务人缴纳应扣未扣、应收未收税款“的规定，对于扣缴义务人应扣未扣税款的，无论适用修订前还是修订后的《征管法》，均不能向纳税人或扣缴义务人加收滞纳金。”