问：制造企业A关于以土地作价（历史成本是500万，评估作价2500万）入股房地产开发企业B，占有B企业85%的股份，该地块建成房产进行出售进行土地增值税清算时如何确定土地成本？
答：《土地增值税暂行条例》第六条规定，计算增值额的扣除项目包括取得土地使用权所支付的金额。
《土地增值税暂行条例实施细则》第七条规定：“条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：（一）取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一法规缴纳的有关费用。”
《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字〔1995〕48号）第十条关于转让旧房如何确定扣除项目金额的问题规定，转让旧房的，应按房屋及建筑物的评估价格，取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用以及在转让环节缴纳的税金作为扣除项目金额计征土地增值税。对取得土地使用权时未支付地价款或不能提供已支付的地价款凭据的，不允许扣除取得土地使用权所支付的金额。
根据上述规定，以接受投资方式取得的土地，并在该宗土地上从事房地产开发，在计算土地增值税时土地使用权所支付的金额扣除问题没有明确规定，我们理解，投资方已经在土地投资环节申报缴纳了土地增值税，根据计税基础衔接的原理，相应的土地的土地增值税计税基础就应当为评估价而不是原始价值，否则必然造成重复征税，不符合税法立法本义。你单位接受投资时取得的土地使用权价值及相关凭据，即为取得土地价款的支付凭证。以下地方政策供参考，具体请进一步咨询主管税务机关执行口径。
参考《新疆维吾尔自治区地方税务局关于土地增值税若干政策问题的公告》（新疆维吾尔自治区地方税务局公告2014年第1号）规定：
六、关于以土地（房地产）投资入股进行投资或联营征收土地增值税的扣除问题
房地产开发企业以接受投资方式取得的土地，并在该宗土地上从事房地产开发，在计算土地增值税时应以《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）文件的执行日期为界限，分以下两种情况确认扣除项目：
（一）2006年3月2日之前，以土地（房地产）作价入股进行投资或联营从事房地产开发的，被投资企业在土地增值税清算时，应以投资入股的账面价值作为其取得土地使用权所支付的金额据以扣除。
（二）2006年3月2日之后，以土地（房地产）作价入股进行投资或联营从事房地产开发，并按规定征收土地增值税的，以征税时确认的收入作为取得土地使用权所支付的金额据以扣除。
《山东省青岛市地方税务局关于印发〈房地产开发项目土地增值税清算有关业务问题问答〉的通知》（青地税函〔2009〕47号）规定：
六、关于以土地使用权投资入股，被投资企业从事房地产开发的，其土地成本如何进行确认？
答：房地产开发企业以接受投资方式取得的土地使用权，根据有关文件的规定，此类情形以《财政部国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）文件的执行日期为界限，分两种情况确认土地成本：
（一）2006年3月2日之后，在投资或联营环节，已对土地使用权投资确认收入，并对投资人按规定征收土地增值税的，以征税价格作为被投资企业取得土地使用权所支付的金额据以扣除。
（二）2006年3月2日之前，以土地作价入股进行投资或联营从事房地产开发的，被投资企业在土地增值税清算时，应以投资者取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用作为其取得土地使用权所支付的金额据以扣除，投资或联营时形成的土地使用权溢价不得扣除。其中，对在2006年3月2日之前虽未办理土地使用权变更登记手续，但受让方已先行合法占有投资开发土地、并已投入资金开始开发的，按照上述规定处理。
《山东省地方税务局关于明确投资人股土地征收土地增值税土地扣除项目金额问题的通知》（鲁地税函〔2004〕30号）规定，纳税人利用外单位投资入股的土地从事房地产开发的，由于其取得该宗土地使用权时并无支付任何金额，故在转让该宗土地开发建设的房地产计算土地增值税时，不得按照投资入股企业取得土地使用权时支付的金额或投资入股时土地的评估价值作为土地的扣除项目金额予以扣除。