关于股权转让过程中的留存收益是否能扣除的问题，经历了几番变化，本文对此梳理如下：
1997年
《国家税务总局关于外商投资企业合并、分立、股权重组、资产转让等重组业务所得税处理的暂行规定》（国税发[1997]71号）文件规定，股权转让价是指，股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币资产或者权益等形式的金额；如被持股企业有未分配利润或税后提存的各项基金等股东留存收益的，股权转让人随转让股权一并转让该股东留存收益权的金额（以不超过被持股企业账面的分属为股权转让人的实有金额为限），属于该股权转让人的投资收益额，不计为股权转让价。
需要注意的是，此文是针对外商投资企业的规定。
2000年
国家税务总局下发了《关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）文件，该文第二条*9款规定，企业股权投资转让所得或损失是指企业因收回、转让或清算处置股权投资的收入减除股权投资成本后的余额。企业股权投资转让所得应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。即“从2000年到2003年之间，内资企业转让股权不允许扣减投资者享有的未分配的留存收益。”
2004年
国家税务总局又下发了《关于企业股权转让有关所得税问题的补充通知》（国税函[2004]390号）文件，对国税发[2000]118号进行补充规定如下：企业在一般的股权（包括转让股票或股份）买卖中，应按《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）有关规定执行。股权转让人应分享的被投资方累计未分配利润或累计盈余公积应确认为股权转让所得，不得确认为股息性质的所得。企业进行清算或转让全资子公司以及持股95 %以上的企业时，投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积应确认为投资方股息性质的所得。为避免对税后利润重复征税，影响企业改组活动，在计算投资方的股权转让所得时，允许从转让收入中减除上述股息性质的所得。即“只要对被投资企业持有的股份超过95%股份，就可以在股权转让价款中扣减未分配的留存收益。”
对比以上几个文件，可以发现，2008年1月1日之前，内资企业只有转让持股超过95%以上股份或对被投资企业进行清算时才可以将股东留存收益权的金额从股权转让价中扣减，而外资企业无论持有被投资企业股份多少比例，都可以将留存收益扣减。
由于2008年1月1日之前，转让内资企业和外资企业股权的税收政策并不相同，因此两法合并之后，究竟遵从外资的规定，还是遵从外资的规定，令人关注。国税函[2004]390号文件和国税发[1997]71号文件之所以规定留存收益可以在股权转让价格中扣减，是因为如果不允许扣减就会有重复纳税因素。
例如：A公司持有M公司100%股权，初始投资成本为100万元，M公司具有留存收益（未分配利润和盈余公积）100万元，2010年A公司将M公司的100%股权作价300万元转让给了B公司，股权转让所得税如何计算？
如果不允许扣减未分配利润和盈余公积，则股权转让所得为300－100＝200（万元）。此时，100万元的未分配例和盈余公积被计入了A公司转让所得缴纳企业所得税，而这100万元在被投资企业已经缴纳过了一次企业所得税，是税后收益，这100万收益在A公司再次纳税属于一笔所得缴纳了两次企业所得税的重复纳税。也就是因为这个原因，2008年1月1日之前，转让外资企业以及转让内资企业持股95%以上股份的情形，允许扣减100万元的留存收益，以避免重复纳税，影响重组。
2008年后
因此，在2009年、2010年，国家税务总局又出台了《关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函[2009]698号）、《关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函[2010]79号）这两个文件。国税函[2009]698号文件和国税函[2010]79号文件均规定，股权转让收入不允许扣减其持有的未分配利润和盈余公积，即上例中A公司的转让所得为（300－100）－100＝100（万元）。
那么，为什么两法合一后，股权转让收入一律不允许扣除未分配利润和盈余公积呢？原因有两方面：
*9，经济意义上的重复征税，在税制设计中并不违背原则。
重复征税有法律意义上的重复纳税、经济意义上的重复征税之分。法律意义上的重复征税是指一笔所得在相同的法律主体被重复征税，而经济意义上的重复征税是指一笔所得在不同的纳税主体重复纳税。法律意义上的重复征税，违背了“税不重征”的原则，是需要坚决避免的，而经济意义上的重复征税，在税制设计上并不完全排斥。在以上股权转让中，虽然M公司就100万元所得已经缴纳过企业所得税，属于税后收益，A公司就该笔所得再次纳税，属于典型的“经济意义上的重复征税”。类似的例如：营业税中转让不动产的价值，在2003年1月1日《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号）文件规定出台前，不允许扣减其购入不动产的价值，显然不动产购入价格部分被重复征收了营业税，但是这属于不同纳税人就同一笔所得的重复征税，即经济意义上的重复征税，在税制设计上，虽然要尽量避免经济意义上的重复征税，但是并不完全排斥。因此，总局不允许扣减留存收益额规定，在税制理论上是没有问题的。
第二，从整个社会来看，国税函[2010]79号文件的规定并未造成重复纳税，相反允许扣减留存收益会造成税制漏洞。
例如，上例中B公司300万元购入M公司100%股权，假设B公司购入后立即分红100万元（这里的盈余公积是不能分配的，这个因素暂时忽略不影响理论上的正确性），B公司分红后，立即将股权再次转让，转让价格理论上只能为200万元，则B公司的股权转让所得为200－300＝－100（万元），B公司存在100万元的股权转让损失，而这100万元的股权转让损失是可以弥补其他所得亏损的，在税收利益上实现了平衡。即：M公司就100万元部分纳税，A公司就留存收益部分所得100万元部分纳税， B公司实现而来100万元亏损可以弥补其他所得的亏损。一笔所得征收了两次税，又弥补了一次亏损，在理论上达到了平衡。
如果允许扣减留存收益，则上例就会变为M公司已经缴纳过一次税款，A公司就100万元抵减后不纳税，而B公司依然就包含留存收益的300万元作为投资成本，再次转让时可能会产生一次亏损。因此一笔所得，缴纳过一次税款，又弥补了一次亏损，最终没有纳税，国家的税收利益受到损失，存在税制漏洞和税收策划的空间。
那么，反过来规定允许A公司可以扣减留存收益，而B公司的投资成本按照200万元计算又如何呢？一是不符合《企业所得税法实施条例》第56条规定的历史成本原则；二是在征管上无法控制，会增加太多的征管成本。因此这种方式理论上可以讨论，实践中是难以行得通的。
目前市场上出现的以银河证券避税宝为代表的所谓“避税式基金”，其实也就是应用了这样一个原理来操纵的。
避税式基金的运作案例
目前基金市场上出现所谓“银河证券避税宝”之类的所谓避税运作，例如网络中一篇文章中是这样介绍该避税运作的：基金兴华（500008）2010年1月29日进行股权登记，每10份基金份额派现5.31元，即每一份基金份额分红0.531元。如果当天企业A以当天收盘价格1.561购买该基金600万份，按照千分之二的交易手续费计算，该投资者共花费1.561×600 ＋ （1.561×600）×0.002＝938.4732（万元），其中基金资产共计936.6万元，手续费共计1.8732万元，基金成本价为1.564元/份。2010年2月1日，基金兴华除息后的价格为1.03元（1.561－0.531），按照每一份基金份额分红0.531元计算，企业A获得的盈余共计是600×0.531＝318.6（万元）。此时，基金资产剩余936.6－318.6＝618（万元）。如果企业A以1.03元/份的价格卖出基金，获利1.03×600－（1.03×600）×0.002＝619.236（万元），其中基金资产共计618万元，手续费共计1.236万元。如许，企业A共计损掉318.6 ＋1.8732＋ 1.236＝321.7092（万元）。假设企业别的有一笔321.7092万元的应税利润，按照现存的企业个人收税税率25％来计算，企业A应交纳321.7092×25＝80.4273（万元）的企业所得税。由于企业A基金资产吃亏321.7092万元，先后二者相抵后，前面的应税利润321.7092万元就能够规避掉80.4273万元的企业所得税。可是现实上企业A只吃亏基金买卖手续费共计1.8732 ＋1.236＝3.1092A.如许就为企业A节流了80.4273－3.1092＝77.3181（万元）的税款。
由于《国家税务总局关于印发的通知》（国税发[2009]88号）文件规定，在公开市场交易的权益性损失不用到税务机关审批，因此即使从手续上来说也是非常简便的，而股市、基金市场盈盈亏亏无长形，税务机关也比较容易通过。银河证券推出的所谓避税宝，实际上是对即将大比例分红公司的持续关注，以达到避税的目标。
在以上交易中，其理论根据是典型的将权益性资产转让所得转换为权益性资产持有所得的例子。类似于比如M公司注册资本为100万元，未分配利润为100万元，M公司净资产价值为300万元，A公司是M公司的100%股权控股的母公司，当年有未弥补的亏损500万元，其关联企业B公司当年有盈利100万元。该公司做以下运作来避税：
（1）A公司将持有的M公司100%股权全资转让给B公司，转让价格按照公允价值300万元确认，A公司实现所得100万元，但是由于A公司尚有500万元亏损，因此A公司当年不会缴纳税款。B公司取得投资的成本为300万元。
（2）M公司当年进行分红100万元，B公司股息红利所得为免税所得，分红后B公司投资成本回收了100万元。
（3）B公司将股权转让给关联企业C公司，由于未分配利润100万元已经全部分配，因此转让价格为200万元。B公司股权转让所得为200－300＝－100（万元）。根据《国家税务总局对企业股权投资损失所得税处理作出公告》（国家税务总局2010年第6号公告）要求，该项股权转让损失可以一次性在当年审批扣除，因此该企业少缴企业所得税25万元。
以上案例，其实和基金的运作是一致的。之所以国家税务总局在国税函[2009]79号文件和国税函[2009]698号文件中规定，股权转让所得不允许扣除未分配利润和盈余公积部分，就是因为如果允许扣除的话，B公司的投资成本却依然是300万元，这样的政策会导致税收漏洞。而不允许扣除未分配利润和盈余公积部分，虽然被投资企业对留存收益已经缴纳过税款，看似有重复纳税之嫌，但是B公司未来分红后转让，在理论上可以享受100万元亏损抵税的好处，整个社会的税收并没有多缴纳。三方利益主体对一项所得纳税的路线图是这样的，*9，M公司对100万所得已经缴纳过税款。第二，A公司转让时，再次缴纳过一次。第三，B公司转让时，分红后亏损可以抵税，因此抵顶一次。对同一项所得，最终只缴纳了一次税款。
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