案例
A医药药店因税负明显偏低被列入了检查对象。进点A药店后，检查组从电脑销售系统到销售明细账，从购货发票到商品明细账，再从每月对收入和进项税的核算到收入申报及进项税抵扣，都认真进行了核对和检查，但均未见异常。同时，检查人员还特别对现金销售进行了检查，发现A药店对每一笔现金销售都经收银系统开具了销售发票，也未发现疑点。由于已花费两天多时间且未有任何收获，这让检查组孔组长既纳闷又着急，究竟是改变检查方法继续深入？还是调转方向正面分析税负偏低的原因？冷静思考后孔组长觉得，不管是从反面检查可能存在的偷税问题，还是正面分析税负偏低的原因，实际上都是同一个目标，只是角度不同。于是，孔组长决定，改由其他人员正面搜集各项数据和信息并分析税负偏低的原因，只要原因确实充分，就结束检查，但在分析没有结果之前，自己仍独自思考在A药店现行的经营和核算方式下可能存在的偷税问题。然而，直至各项数据和信息都已统计并分析完毕，还是未见有价值的疑点，至此，孔组长已准备接受税负偏低的结果。但是，就在复核分析的结果时，孔组长对A药店连续三年的毛利率均保持在7%左右感到了疑惑，如此低的毛利率虽能佐证增值税税负的偏低，但与药品零售业的平均毛利率相距甚远，预感这其中定有猫腻。
但如何才能发现其中的猫腻呢？考虑到增值税税负和销售毛利同时偏低的情况，孔组长分析，A药店很可能利用了虚开的增值税发票，这样不仅能顺利通过认证增加进项税来降低增值税税负，而且还可以将发票上载明的药品入账后通过结转成本来降低计税所得额，一举两得。而要果真采取了此舞弊手段，则很可能出现三种情形：一是对虚假购进的药品没有资金流，即没有实际付款或总是现金付款；二是没有相应的药品入库，出现有账无物或账多物少的情况；三是对虚假购进的药品只有结转成本而没有销售收入。对于情形一，检查组仔细查看了所有可能藏匿应付货款的往来账户，均未发现疑点；第二种情形，由于药品的数量、品种纷繁复杂，一时无法盘点和核对清楚，暂不考虑；而对寄予很大希望的第三种情形，孔组长认为这很可能造成销售收入明细表与销售成本明细表存在品种或数量上的差异，但让孔组长失望的是，A药店说他们未编制收入明细表，仅编制了成本明细账，且该表的编制基础是以存尬销，所以，仅从该表上无法发现差异。至此，检查再次陷入困境。
但思前想后，孔组长觉得还是从成本明细表上下功夫。他选择了十种成本结转额较大的药品，把被检查年度12个月结转的这十个品种的成本额全部依次进行了摘录，在进行了必要的对比分析后，果然产生了疑惑，这十个品种中，有四种属于抗生素类，三种属于心脑血管类，这七种药各月销售成本的变化根本没有规律，时多时少，有时甚至为零，孔组长请A药店予以解释，但A药店的解释是，影响销售量变化的因素很多，如流行性感冒可能引起抗生素类药销量猛增，而缺货又可能使得销量为零，该解释很有说服力，但经验丰富的孔组长又追问了一句，即使因为流行性感冒或缺货等原因造成抗生素类药的销量一时起伏不定，但在全年度多数正常情况下不可能总是起伏不定，更何况心脑血管类药就应该不受什么特殊情况的影响，其销量怎么也会起伏不定呢？所以，这其中的真正原因还请实事求是予以回答，至此，心虚的A药店财务人员不知道检查人员究竟掌握了多少情况，只好承认了存在的问题。
原来，由于一些实行定额税的小药店在向医药批发公司购货时往往不要发票，仅是索取销售清单，造成了医药公司因少计销售而税负过低，为了达到税负警戒线，迫使医药公司不得不另行开具销售发票。而对于实行查账征收的药店而言，又正好需要增值税发票抵扣进项税，这样，药店只需花很小的代价（如开票额的5%）就可以获取医药公司虚开的发票并抵扣17%的进项税，此时，医药公司不仅不会增加税负，而且还得到了开票额5%的收益。A药店正是采取了这种方法，为了掩人耳目，A药店还特意做出了付款的假象，但开出的汇票由对方背书后用又作了其他用途，这形成了资金流的假象，迷惑了检查人员。最终，A药店和医药公司均受到了税务机关严厉的处罚。
分析
上述案例说明，对一些增值税税负一直很低，又没有正当理由的企业，不能因为增值税发票顺利通过认证就认为没有问题，检查人员还应以必要的职业怀疑态度去分析和判断增值税发票所载明的经济事项是否真实发生，即必须对相关经济事项所应该表现出来的业务轨迹进行追踪复核。如A药店购进药品，则应该出现订立购货合同、实际支付购货款、药品入库（有入库单）、有相应数量的库存药品（需账、实一致）及对外销售及结转销售成本等一系列的过程，这是正常情况下药店购销药品所应该具有的常规业务流程，而用假发票入账不是没有上述完整的业务过程，就是所反映的业务过程很容易出现相互矛盾的情况，所以，检查人员完全可以从这两方面入手并跟踪追击，以分析和判断企业是否存在用虚开的增值税发票入账抵扣进项税的问题。
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