一、代开增值税专用发票的管理
已办理税务登记的小规模纳税人（包括个体经营者）以及国家税务总局确定的其他可代开增值税专用发票的纳税人，向主管国税机关办税服务厅提出代开增值税专用发票的申请，主管税务机关应为其代开增值税专用发票。
（一）代开增值税专用发票的范围
主管税务机关所辖范围内的增值税小规模纳税人，其他单位和个人不得代开。增值税小规模纳税人，是指已办理税务登记的小规模纳税人（包括个体经营者），以及国家税务总局确定的其他可予代开增值税专用发票的纳税人。对销售额未达到起征点的个体工商业户，税务机关不得为其代开增值税专用发票。未达起征点个体工商户申请代开增值税专用发票的，应以书面形式向主管国税机关提交放弃免税权的申请，经主管国税机关审核确认后，依照现行有关规定缴纳增值税。放弃免税后，36 个月内不得再申请免税。
（二）代开所需资料
1、《代开增值税专用发票缴纳税款申报单》；
2、销售合同（购销双方公章或合同专用章清晰可见）原件及复印件；
3、购货方的税务登记证副本复印件，且此复印件上盖有“增值税一般纳税人”专用章，“增值税一般纳税人”专用章必须清楚，如章不清，可补充提供该纳税人的年检证明等能证明其为一般纳税人的资料的复印件；
4、购货方开票资料（税号，名称，地址电话，开户行及账号）；
5、销售方税务登记证副本原件及复印件；
6、购进时购货合同原件及复印件；
7、购进时购货发票原件及复印件；
8、购进时运输发票原件及复印件；
以上1～5 条为必需资料，6～8 条提交三样有困难的，可选择两样提供，以上所有复印件需加盖开票方公章并注明与原件一致；
（三）代开发票开具
1.代开增值税专用发票统一使用六联发票，通过防伪税控系统开具。代开的增值税专用发票第五联由代开发票岗位留存，补录时使用；第六联由税款征收岗位留存，定期核对代开发票税额与征收税款；其他联次由纳税人留存。
2. 代开发票岗位应按下列要求填写专用发票的有关项目：
（1）“单价”栏和“金额”栏分别填写不含增值税税额的单价和销售额；
（2）“税率”栏填写增值税征收率；
（3）销货单位栏填写代开税务机关的统一代码和代开税务机关名称；
（4）销方开户银行及帐号栏内填写税收完税凭证号码；
（5）备注栏内注明增值税纳税人的名称和纳税人识别号；
（6）其他项目按照专用发票填开的有关规定填写。
注意：对实行定期定额征收方法的纳税人正常申报时，按以下方法进行清算：每月开票金额大于应征增值税税额的，以开票金额数为依据征收税款，并作为下一年度核定定期定额的依据；每月开票金额小于应征增值税税额的，按应征增值税税额数征收税款。
二、代开货物运输业增值税专用发票
按照国家税务总局2012 年第42 号公告精神，小规模纳税人提供货物运输服务，接受方索取货运专用发票的，可向主管税务机关申请代开货物运输业增值税专用发票（以下简称货运专用发票）。
（一）代开范围
主管税务机关为所辖范围内从事货物运输服务的增值税纳税人代开货运专用发票，其他单位和个人不得代开。增值税纳税人是指已办理税务登记的小规模纳税人，以及国家税务总局确定的其他可以代开货运专用发票的纳税人。具体包括：
1.主管国税机关所辖范围内增值税小规模纳税人中的企业和个体工商户。
2.对销售额未达到起征点的个体工商业户，税务机关不得为其代开专用发票。未达起征点个体工商户申请代开货运专用发票的，应以书面形式向主管国税机关提交放弃免税权的申请，经主管国税机关审核确认后，依照现行有关规定缴纳增值税。放弃免税后，36个月内不得再申请免税。
（二）代开所需资料
纳税人申请代开货运专用发票时，应填写《代开货物运输业增值税专用发票及缴纳税款申请单》（式样见附件，以下简称《申报单》），连同下列资料，到主管国税机关办理代开手续。
1.《税务登记证》副本，经办人合法身份证件及复印件；
2.承包、承租车辆、船舶营运的，应提供承包、承租合同及出包、出租方车辆、船舶及营运资质的有效证明复印件；
3.承运人自有车辆、船舶及营运资质的有效证明及复印件；
4.承运人同货主签订的承运货物合同或者托运单、完工单等其它有效证明；上述资料中的2、3 项仅在*9次申请代开时提供，复印件留存。
（三）代开发票开具
主管国税机关办税服务厅接到《申报单》后，对纳税人报送的资料进行审核无误后，通过货运专用发票税控系统代开票征收子系统录入《申报单》的相关信息，按照《申报单》上注明的税额征收税款，开具税收完税凭证，增值税纳税人缴纳税款后，凭《申报单》和税收完税凭证及税务登记证副本，到代开货运专用发票岗位申请代开专用发票。为增值税纳税人代开的货运专用发票应统一使用六联货运专用发票，第五联由代开货运专用发票岗位留存，以备发票的扫描补录；第六联交税款征收岗位，用于代开货运专用发票税额与征收税款的定期核对；其他联次交增值税纳税人。
主管税务机关应在代开货运专用发票上加盖统一样式的“代开货物运输业增值税专用发票专用章”；小规模纳税人中的企业和个体工商户应在代开货运专用发票的备注栏上，加盖其发票专用章；代开货运专用发票遇有填写错误、服务中止或折让等情形的，按照增值税专用发票有关规定处理。
主管国税机关代开货运专用发票时填写有误的，应及时在货运专用发票税控代开票系统中作废，重新开具。代开货运专用发票后发生退票的，主管国税机关按照增值税一般纳税人作废或开具负数专用发票的有关规定进行处理。对需要重新开票的，主管国税机关应同时进行新开票税额与原开票税额的清算，多退少补；对无需重新开票的，按有关规定退还增值税纳税人已缴的税款或抵顶下期正常申报税款。
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