29号公告的第二条规定
（一）企业接收股东划入资产（包括股东赠予资产、上市公司在股权分置改革过程中接收原非流通股股东和新非流通股股东赠予的资产、股东放弃本企业的股权，下同），凡合同、协议约定作为资本金（包括资本公积）且在会计上已做实际处理的，不计入企业的收入总额，企业应按公允价值确定该项资产的计税基础。
（二）企业接收股东划入资产，凡作为收入处理的，应按公允价值计入收入总额，计算缴纳企业所得税，同时按公允价值确定该项资产的计税基础。
企业的股东和其投资的企业虽然在企业所得税上我们是界定为两个主体。但是，这两个主体间的关系却非常特殊，因为他们之间存在着投资的关系。严格意义上来讲，企业所得税中的企业只是所得税纳税的中间实体，因为实际的税负最终都是应该由个人投资者承担的。因此，股东和其投资的企业之间的交易与两个独立的企业之间的交易有很大的差别。
两个独立企业之间的交易行为（不建立投资关系）无外乎两种：1、正常的商业交易行为（包括销售、劳务、融资等）；2、捐赠行为：但是在股东和其投资企业之间的交易行为包括：1、正常的商业交易行为；2、资本性投入；3、股利分配或减资
相对于两个不存在投资关系的独立企业而言，存在投资关系的股东和其投资企业之间的交易，严格意义上讲是不存在捐赠行为的。因为即使股东的资产到了被投资企业，但是由于他们之间存在投资关系，股东对资产的控制只是从原来的直接控制变为了间接控制，经济利益并未真的从股东出流失，不能做捐赠处理。这里，会计上已有规定。对于控股股东和其投资企业之间的交易，《关于做好执行会计准则企业2008年年报工作的通知》（财会函〔2008〕60号）第八条规定，企业接受的捐赠和债务豁免， 按照会计准则规定符合确认条件的， 通常应当确认为当期收益。如果接受控股股东或控股股东的子公司直接或间接的捐赠， 从经济实质上判断属于控股股东对企业的资本性投入， 应作为权益性交易， 相关利得计入所有者权益（ 资本公积） .对于非控股股东和其投资企业之间的交易，《企业会计准则解释第5号》第六条有规定：问：企业接受非控股股东（或非控股股东的子公司）直接或间接代为偿债、债务豁免或捐赠的，应如何进行会计处理？答：企业接受代为偿债、债务豁免或捐赠，按照企业会计准则规定符合确认条件的，通常应当确认为当期收益；但是，企业接受非控股股东（或非控股股东的子公司）直接或间接代为偿债、债务豁免或捐赠，经济实质表明属于非控股股东对企业的资本性投入，应当将相关利得计入所有者权益（资本公积）。无论是控股股东还是非控股股东，会计上都市作为资本性投入处理的。
这里，总局29号公告第二条应该是在很大程度上借鉴了会计的规定，从而规定了“企业接收股东划入资产（包括股东赠予资产、上市公司在股权分置改革过程中接收原非流通股股东和新非流通股股东赠予的资产、股东放弃本企业的股权，下同），凡合同、协议约定作为资本金（包括资本公积）且在会计上已做实际处理的，不计入企业的收入总额，企业应按公允价值确定该项资产的计税基础”。这是我国企业所得税上*9次明确将股东和其被投资企业之间的交易行为进行明确的划分，即划分为是资本性投入行为（contribution）和正常的商业交易行为（normal business transaction）。同时，明确规定只要是资本性投入行为，被投资企业不计入企业的收入总额，企业应按公允价值确定该项资产的计税基础。同时这一条，税法上对于股东并未限制是控股股东还是非控股股东，只要是股东都可以。其次第二条没有对企业的性质进行界定，不管是国有企业还是民营企业也都可以。
但是，29号文第二条只是规范的股东和其被投资企业之间资本性交易的税务处理问题，并未提及股东和股东之间由于一方的资本性投入而引发的税收问题。如果对这个问题没有清晰的把握，可能会导致很大的税收风险。
案例：假设甲公司有两个企业股东A和B，A投资60万，占60%，B投资40万元，占40%.此时，假设A股东将一幢公允价值100万元（计税基础50万元）的房产过户给甲公司，双方约定该房产划拨到甲公司，不做增资处理，只增加甲公司的资本公积-资本溢价。此时，对照29号公告第二条*9款的规定，企业接收股东划入资产，约定作为资本金（包括资本公积）且在会计上已做实际处理的，不计入企业的收入总额，企业应按公允价值确定该项资产的计税基础。因此，甲公司按100万作为资产的入账价值并计提折旧。
这里的关键问题在于，如果你是A股东，你愿意把自己的一幢100万元的房子投入到只是自己控股的公司，不增加自己的持股比例，只作为资本公积处理吗？这样处理，实际上100万元的房屋中40万元就白白给了B股东了。
所以，29号公告*9条所说的国有企业的资产无偿划拨也不是任何国有企业都可以，正如国资委在2009年颁布的关于印发《企业国有产权无偿划转工作指引》的通知（国资发产权〔2009〕25号）第二条所规定的，不是所有国有企业都能作为划入（出）方，只有国有独资企业、国有独资公司、国有事业单位投资设立的一人有限责任公司及其再投资设立的一人有限责任公司（以下统称国有一人公司），可以作为划入方（划出方）。因此，国有产权的无偿划转都必须是在国家100%控股的国有企业之间的，如果我不是100%控股，我把资产无偿划拨给人家不导致国有资产流失吗？因此，实际上29号公告*9条的国有资产划拨只涉及到一个股东和其被投资企业之间的交易。
但是，29号文第二条中关于资产划拨的税务处理则不仅涉及到股东和被投资企业之间的交易，如果被投资企业不止一个股东，这种划拨行为实际还涉及到股东之间的交易行为，这个是我们不能忽略的。
我们可以用29号公告第二条提到的股份分置改革中的例子来看。29号公告第二条说：上市公司在股权分置改革过程中接收原非流通股股东和新非流通股股东赠予的资产作为资本公积处理，不征收企业所得税。但是，在股权分置改革中，非流通股股东向流通股股东支付对价的方式有两种，*9种是直接向流通股股东支付对价，第二种是向被投资企业进行资本性投入。对两种方式，财政部和总局分别有文件规定。对于*9种方式，《财政部、国家税务总局关于股权分置试点改革有关税收政策问题的通知》（财税〔2005〕103号）规定，股权分置改革中非流通股股东通过对价方式向流通股股东支付的股份、现金等收入，暂免征收流通股股东应缴纳的企业所得税和个人所得税。第二种方式，《股权分置改革中非流通股股东通过对价方式向流通股股东支付的股份、现金等收入，暂免征收流通股股东应缴纳的企业所得税和个人所得税》规定，股权分置改革中，上市公司因股权分置改革而接受的非流通股股东作为对价注入资产和被非流通股股东豁免债务，上市公司应增加注册资本或资本公积，不征收企业所得税。这里要注意的是，在股权分置改革中，非流通股股东对被投资企业赠与资产或豁免债务，被投资企业是作为资本公积处理，但这里的原因是国有企业无偿划拨以及股东和其100%控股的企业之间的交易行为是存在本质差别的，这种差别就在于，这种不公允出资行为的背后是有其他原因的，暗含了股东之间存在着额外的交易。在股权分置改革中，非流通股股东把资产投入到被投资企业，不增加持股比例（即认为是一种不公允出资行为），其背后的原因是通过这种方式给予流通股股东以补偿从而获取流通的权利。
因此，税务机关要敏锐的意识到一个问题，就是股东和股东之间发生交易而需要支付对价时，既可以直接支付（比如股权分置改革中，非流通股东为取得流通权直接向流通股股东支付对价），也可以通过他们共同投资的企业进行间接支付，这种间接支付就包括不公允出资和不按投资比例进行股利分配（比如在股权分置改革中，非流通股股东为取得流通权也可通过向他们共同的投资企业无偿注入资产进入资本公积，去变相支付给流通股股东）。
正如我在《税务机关应如何看待投资者不按出资比例的股息分配行为》（http://blog.sina.com.cn/s/blog_a6d2afe00101drfb.html）所分析的一样，有人可能认为我所说的问题超出税法规定，因为税法只是强调居民企业直接持有其他居民企业的股权取得的股息所得免税，并未强制要求按比例分配。这的确如此。但是，如果你们当初的投资协议没有对分配权做额外规定（即你们当时出资时就是按照等比例分配利润的原则确定出资金额和股权比例的），此时你不按出资比例分配时，税务机关并未一定要征税，而是这时我要对你这种行为背后的原因进行考虑。作为经济人，你为什么要放弃你本可以取得的股息呢？正是因为股东之间的交易，对价的支付既可以直接支付，也可以通过他们共同投资的企业之间的交易进行间接支付。因此，我们就需要对不公允出资和不按投资比例分配股息的背后原因进行税收考量。这样的考量只是揭露交易背后的经济实质，是否征税，如何征税仍然是在《企业所得税法》和总局相关文件规定下进行的。
所以，对于29号公告第二条，特别是第二条*9款的规定，税务机关在执行时不能仅关注一个方面。如果是一个股东和其100%控股企业之间的上述交易，可以直接按第二条进行税务处理就可以了。但是，如果被投资企业存在多个股东，其中某个股东将资产投入到被投资企业，出现有不公允出资的情况，对于被投资企业的税务处理，可以直接按照29号文第二条规定处理。但是，对于这一行为背后的股东之间存在何种利益的让渡和交易行为，一定要做税收考量。如果忽略这一点，29号公告第二条出台后可能会导致实务中出现大量的避税行为。
案例
某房地产开发企业（甲公司）雇佣了一名总经理A个人，合同约定该房地产企业年终应给A个人年终奖200万。如果是正常作为工资支付，甲公司作为200万的工资、薪金支出在企业所得税前扣除。但是，A个人该年终奖需要按照工资、薪金所得，按照45%的税率缴纳个人所得税，税负太高。因此，他们在筹划如何降低个人所得税的税负。
下面，我们来基于29号公告第二条设计如下税收筹划方案：
*9步：首先由该房地产企业出资1万，A个人出资9万元注册成立一家有限责任公司M公司。
股东
出资
持股比例
甲公司
1万
10%
A个人
9万
90%
此时M公司的所有者权益很简单，就是实收资本10万元。
第二步：该房地产企业甲公司向M公司增资222.22万元，但是协议约定该增资行为不增加注册资本，全部进入M公司的资本公积-资本溢价中。此时，就按有些人的观点，法无禁止即可行吗，我甲公司愿意你管得着吗。是啊，这里我认可。此时，根据国家税务总局2014年29号公告第二条的规定：企业接收股东划入资产（包括股东赠予资产、上市公司在股权分置改革过程中接收原非流通股股东和新非流通股股东赠予的资产、股东放弃本企业的股权，下同），凡合同、协议约定作为资本金（包括资本公积）且在会计上已做实际处理的，不计入企业的收入总额，企业应按公允价值确定该项资产的计税基础。
分析：首先，甲公司是M公司的股东，符合29号公告的条件。其次，合同约定作为资本金（包括资本公积），我这里合同就是约定进入资本公积-资本溢价的，也符合29号公告的条件。第三，我M公司会计上也是这么处理的，借：银行存款 222.22万元； 贷：资本公积——资本溢价 222.22万元。因此，M公司会计上已做实际处理了。此时，完全符合29号公告第二条的规定。
此时，M公司的所有者权益如下：
实收资本 10万元；资本公积
222.22万元；合计：232.22万元
按照29号公告的规定，我们可以得到如下两个结论：
1、M公司取得的现金222.22万元不确认所得，此时现金的计税基础就是222.22万元，和公允价值一致。
2、这里，你既然认为M公司属于接受的投资行为，则甲公司将222.22万元现金注入M公司就是一种投资行为。该行为完成后，甲公司持有M公司股权的计税基础就增加为223.22万元（1+222.22）。但此时要注意，由于甲公司投入M公司的222.22万元全部是进资本公积的，此时甲公司持有M公司的股权比例仍然是10%.
第三步：甲公司和A个人约定，甲公司将其持有的M公司10%的股权转让给A个人。转让价格此时很好算，就是以M公司净资产的公允价值232.22乘以10%，即甲公司转让M公司10%股权的转让价格是23.22万元，这个转让价格也是符合税法规定的。在转让环节，甲公司应按如下方式确认转让所得（或损失）转让股权收入23.22-转让股权计税基础（223.22）=-200（万元）即此时，甲公司股权转让应确认200万元的财产转让损失，这个转让损失应该也是可以在企业所得税税前扣除的。转让完成后，A个人持有M公司100%的股权。此时，A个人持有M公司100%股权的计税基础是多少呢，也很好算，原来投资9万元，加上他购买甲公司的10%股权支付的23.22万元，合计为32.22万元。
第四步：甲公司再从A个人处将其持有M公司100%的股权再买回来（实际操作中为避免做的太明显，可以让关联公司购买）。此时，甲公司的购买价格就是M公司净资产的公允价值232.22万元。
A个人股权转让，应按规定确认股权转让所得或损失：
转让收入232.22－转让成本32.22=200（万元）
200×20%=40（万元）
此时，A个人取得的股权转让所得200万元只需要按20%的税率缴纳40万元的个人所得税。
第五步：此时M公司成为了甲公司持有100%股权的公司。甲公司持股成本是232.22万元（为其向A个人购买100%股权的成本）。我现在甲公司将M公司注销，将232.22万元从M公司全部收回。OK了，根据财税〔2009〕60号文件，没有任何清算所得和损失。一切做完了。
好的，这时候大家回过头来可以看，我上面所有的做法都是有现行税法作为依据的，并没有任何偷税的行为。但是，如果甲公司直接发公司给A个人，甲公司企业所得税前扣除200万的工资支出，但A个人200万的工资需要按45%的税率缴纳企业所得税。我的筹划方案出来后，甲公司确认200万的股权转让损失在企业所得税税前扣除，这个和工资扣除在企业所得税上的效果是一样的。因此，这个筹划对甲公司基本无影响。但是，对于A个人，我确把200万元的所得的性质从工资薪金所得转变为股权转让所得，税率从45%降低到了20%。这时候，大家可以看到这里的避税空间的存在。
当然，大家不要误解我的观点，我并不是说总局29号公告第二条是错的。总局29号公告第二条是完全正确的，也是非常重要的，符合企业所得税的原理。但是，我想说的是，当我们打开一扇门的时候，不要忘记去关上另外一扇门。就好比中国现在没有方法资本项目下外汇的自由兑换，我可以不防范相关问题。如果我放开了资本项目下的自由兑换，我就必须要研究对由此导致的相关问题给予合适的监管和防范。
没有29号公告的规定，纳税人不敢做这个筹划，因为税务局会认为甲公司将222.22万元投入M公司做资本公积去认定为捐赠，这就麻烦了。但29号公告规范了这一问题，这个规范是对的。但我们规范了以后，就要对由此可能导致的避税问题给予防范，这就是我在《税务机关应关注总局29号公告第二条暗含的避税风险》文章中表达的重要观点：
税务机关要敏锐的意识到一个问题，就是股东和股东之间发生交易而需要支付对价时，既可以直接支付，也可以通过他们共同投资的企业进行间接支付，这种间接支付就包括不公允出资和不按投资比例进行股利分配。
正是存在这个问题，因此我们需要对不公允出资、不按投资比例分配股息中的避税行为给予必要的关注。这里，我先把这个避税案例提出来，以期引起大家的关注，至于应该在税法范围内应对这个问题留待再讨论。
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