对于税务检查人员来说，工资、薪金类个人所得税代扣代缴问题的检查，工作量相当大，常规的方法是，查阅每个被查年度与工资、薪金发放有关的明细账、凭证，逐笔核对、计算每名员工工资、薪金应发数、税前扣除数、应代扣代缴个税数；计算每月所有员工应扣缴个税合计数、全年所有员工合计应扣缴数，最后将此数字与被查单位实际扣缴工资、薪金个税当期数（从税务信息系统提取）进行比较，再判断被查单位该年度是否存在工资、薪金个税扣缴问题，并计算出应补扣补缴数额。这种方法的优点是，一般情况下，不会漏掉可能存在的工资、薪金类个税扣缴问题，缺点是，很多情况下，被查单位最后的结果可能是无此问题，但依然要做上述工作，徒劳无功。而如果检查时间有限、被查单位员工人数又较多，则巨大的工作量则使此方法几乎不可行——在进行纳税检查时，我曾遇到一家单位，其员工人数接近五千！幸好，工资、薪金类个人所得税代扣代缴问题的检查在一定条件下是有规律可循的，这为我们查找这一问题提供了一条捷径。
在个人所得税税率表、免税额等征税要素不变的情况下，如果被查单位符合如下要求：1、被查年度及邻近一到两个年度内员工人均工资、不同薪资水平人数比例基本不变或仅有较小的变化；2、被查单位发放工资、薪金通过一个科目进行核算（如：“应付职工薪酬——应付工资”或类似名称），或虽然不止一个科目，但核算清楚，可以清晰的对所有发放的工资、薪金进行归集；3、被查年度社保等允许税前扣除计算方法及数额未变化或仅有较小的变化。是否符合以上条件，检查人员可询问被查单位财务部门或人力资源管理部门相关人员进行判断。如果基本符合，我们可以根据“年个人所得税税负率”、“个人所得税税负变动率”两个指标来分析确定工资、薪金类个税扣缴可能存在的问题。
1、年个人所得税税负率，用K表示：K=被查单位某一被查年度代扣代缴工资、薪金税目当期个人所得税额/当年被查单位“应付职工薪酬——应付工资”借方实际累计发生数（如检查中发现在别的科目中有发放的工资、薪金，则应合并计入）。
2、个人所得税税负变动率，用字母R表示，R=│K2-K1│/K1，其中K1为某一被查年度K值，K2为另一年度K值。
依据检查经验，如果符合上述条件的被查单位几个被查年度K值均不相等，则应当关注其可能存在的工资、薪金类个税扣缴问题，此时，检查人员应根据检查时间及人力情况适当选取进一步检查的方法。如果有较大变化，如：表现为以不同年度K值为参照计算出的R值超过20%，那么，这一指标将指向被查单位K值较小的被查年度可能存在明显、甚至较大的工资、薪金类个税扣缴问题，此时应严重关注这一年度可能存在的问题，并进一步进行认真的核查。
做出这种判断的基本依据是，如果个人所得税税率表、免税额等征税要素不变，被查单位又符合上述三个条件，那么，从理论上来说，其扣缴的个税数额与发放的工资、薪金数额应当是配比的，如果不配比，则不合常理，可能会存在扣缴问题。一般情况下，工资、薪金类个税扣缴问题主要表现有两种：要么是个税扣缴计算方法不正确，如税前扣除额不对、适用税率不对等；要么是某些发放项目未合并当月工资、薪金计算应扣缴个人所得税，这些未合并计算的项目可能存在于工资核算科目里（如：“应付职工薪酬——应付工资”），也可能存在别的科目里（例——借：管理费用
×元 贷：银行存款
×元，内容为支付员工奖金，后附领取人姓名、数额、签名等明细），这两种表现最终的结果是不同年度K值不等且据此计算出的R值较大。
案例一：检查人员在对某单位工资、薪金个税扣缴情况进行检查时，调取了企业账目，取得了有关参数：2009年被查单位“应付工资”借方累计数3200万元，已扣缴归属期为2009年的工资、薪金个税347万元；2010年被查单位“应付工资”借方累计数3300万元，已扣缴归属期为2010年的工资、薪金个税265万元，通过询问被查单位财务人员，检查人员了解到，被查单位为一大型国企，2009、2010年员工人数仅有几人变化，“五险一金”按社保局规定扣缴，所有发放的员工工资、薪金均在“应付工资”中进行核算。根据这些情况，检查人员计算被查单位两个年度的K值和R值：K1=0.108，K2=0.08，R=25.9%，K1≠K2且R>20%，这些指标表明，2010年被查单位K值剧烈减小，应存在工资、薪金扣缴问题，根据这一指向，检查人员抽查了月工资发放及个税扣缴表，未发现计税方法问题；又查阅2010年应付工资明细账，核对每笔工资、薪金发放数额是否合并计税，结果发现，被查单位2010年5月中旬发放“风险抵押”工资未合并当月工资计算扣缴个人所得税。
案例二：某一大型单位，基本情况与上例相似，被查单位基本符合上述三个条件，检查人员提取了被查单位2009、2010相关参数并计算出相应指标为K1=0.04，K2=0.068，R=70%，K1≠K2且R>20%，此指标指向被查单位2009年工资、薪金扣缴应存在问题，检查人员调取被查单位2009年月工资发放及个税扣缴表，抽查发现，被查单位个税计算方法有问题，即所有员工不管应纳税所得额是多少，均适用5%税率进行计算，理由是简单、省事，到2010年，被查单位感觉此法不妥，才进行了纠正，因此，2010年个税扣缴计算正确，2009年计算错误，并少扣缴个人所得税。
经验分享：在员工人数较多的情况下，其工资、薪金类个人所得税扣缴问题的检查是一项比较费力的工作，特定条件下采用上述方法，可以为这一问题的检查指明一个基本方向，从而可以比较快速的锁定工资、薪金个税扣缴方面存在的问题。但是，需要注意的是，此方法的运用，首先是被查单位的基本情况要符合上述三个要求，如果员工不同薪资水平人数有剧烈变动、个税税前扣除计算方法及数额有较大变动，都会对由R、K值判断其工资、薪金个税扣缴是否存在问题产生干扰，因此，在检查过程中，检查人员一定要有自身良好的职业判断，二者结合才会有事半功倍的效果。
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