应纳税额＝增值额×适用税率－扣除项目金额×扣除系数
计算步骤如下：
（1）计算转让房地产取得的收入；
（2）计算扣除项目金额；
（3）计算增值额；
（4）计算增值额占扣除项目金额的比例，确定适用税率；
（5）计算应纳税额。
【典型例题1】假定某房地产开发公司转让商品房一栋，取得收入总额为1000万元，应扣除的购买土地的金额、开发成本的金额、开发费用的金额、相关税金的金额、其他扣除金额合计为400万元。请计算该房地产开发公司应缴纳的土地增值税。
（1）增值额=1000－400＝600（万元）
（2）增值额与扣除项目金额的比率=600÷400＝150%，确定税率
（3）应缴纳土地增值税=600×50%－400×15%＝240（万元）
【说明】特殊售房方式应纳税额的计算方法
土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。
纳税人成片受让土地使用权后，分期分批开发、转让房地产的，对允许扣除项目的金额可按转让土地使用权的面积占总面积的比例计算分摊。若按此办法难以计算或明显不合理，也可按建筑面积或税务机关确认的其他方式计算分摊。扣除项目金额＝扣除项目总金额×（转让土地使用权的面积或建筑面积/受让土地使用权的总面积）