管理信息系统的结构是指各部件的构成框架，可以从层次结构、功能结构和技术结构方面来分类。
　　1.层次结构。
　　不同的管理层次需要不同的信息服务，为它们提供服务的管理信息系统就可以按这些管理层次来相应地进行划分。为不同管理层次所设计的管理信息系统在数据来源和所提供的信息方面都是完全不同的。
　　(1)战略计划层。战略计划层的管理活动所涉及的是企业的总体目标和长远发展规划，因此，面向战略计划层的系统功能是为战略计划层管理活动提供比较广泛的数据来源。其中，除了内部数据外，还需要相当数量的外部数据。该层信息一般具有高度概括性和综合性。
　　(2)管理控制层。管理控制层的管理活动属于企业的中层管理。它的主要工作是根据高层管理所确定的总目标，对组织内所有部门的各种资源，制定出资源分配计划及实施进度表，并组织基层单位来实现总目标。这个层次的管理活动包括各个部门工作计划的制订、监控和各项计划完成情况的评价等。
　　因此，管理控制层的系统功能主要是服务各个部门的负责人，为他们提供所需要的信息，以支持他们能在管理控制活动中正确的制订各项计划和了解计划的完成情况。它所需要的数据来源可以有3个渠道：一是控制企业活动的预算、标准和计划等;二是作业处理所提供的数据;三是其他数据。管理控制层的管理信息系统所提供的信息主要包括决策所需要的模型、对各部门的工作计划和预测、对计划执行情况的定期和不定期的偏差报告、对问题的分析评价，以及对各项查询的响应等。
　　(3)运行控制及业务处理层。运行控制及业务处理层的管理活动是为有效利用现有资源和设备所展开的各项活动，属于企业的基层管理活动。它按照中层管理所制订的计划与进度表，具体组织人力、物力去完成上级指定的任务。因此，运行控制及业务处理层信息系统的处理过程都是比较稳定的，可以按预先设计好的程序和规则进行相应的信息处理。在这一层次上的管理信息系统功能一般由三种处理方式组成，即业务(事务)处理、报告处理和查询处理。这三种处理方式的工作过程十分相似，将处理请求输入处理系统中，系统自动从文件中搜寻相关的信息，进行分析处理，输出处理结果或报告。
　　2.功能结构。
　　管理信息系统的功能(职能)结构通常可以用功能(职能)系统——管理层次矩阵来表示。
　　每一列代表一个子系统，对应着一种管理功能，显而易见，企业的管理信息系统按照功能(职能)分成了七个子系统;
　　行代表战略计划、管理控制、运行控制及业务处理等不同的管理层次;
　　行与列相交的位置代表适用于不同管理层次的功能(职能)子系统。
　　各个功能(职能)子系统的主要功能(职能)如下所述。
　　(1)市场销售管理子系统。
　　该子系统包括市场开拓计划、市场营销策略、销售管理等。
　　在运行控制及业务处理方面的主要工作是销售人员培训、市场调查与预测、市场促销活动、订货服务、分配发运、售后服务，以及按区域、产品、顾客的销售数量的定期分析等。
　　在管理控制方面的主要工作是总的销售成果和市场销售计划的比较，找出差距并制定调整措施。它所用的信息有顾客、竞争者、竞争产品和销售力量要求等。
　　在战略计划方面的主要工作是负责新市场的开发战略、资源的优化配置。它使用的信息除了综合性的市场销售信息外，还包含顾客分析、竞争者分析、顾客评价、人口预测、技术预测和宏观经济预测等。
　　(2)生产管理子系统。该子系统包括生产子系统、生产计划子系统、技术管理子系统等。
　　其中，生产计划子系统包括在需求能力和可用能力之间进行平衡的基础上制定中长期生产任务计划大纲、中短期生产任务的生产计划和资源需求计划、编制下达执行任务书等。
　　在业务处理方面的主要工作是产品需求与资源能力数据、计划完成情况等基础数据的收集整理，生产订货(即订购生产成品时所需要的部件)单、装配订货单的编制下达等。
　　在运行控制方面的主要工作是把实际进度与计划相比较，发现问题所在，并制定调整措施。
　　在管理控制方面的主要工作是进行需求能力和可用能力之间的平衡，制定生产计划和资源需求计划等。
　　在战略计划方面的主要工作是考虑生产资源的优化配置等。
　　技术管理子系统包括产品设计与开发、工程技术数据管理(工艺流程、材料定额、工时定额、工程图纸等)、技术改造等。
　　在业务处理方面的主要工作是产品试制、工程技术数据管理、技术改造具体方案的制定与实施。
　　在管理控制方面的主要工作是分析现有产品和制造工艺，提出新产品开发和技术改造方案。
　　在战略计划方面的主要工作是制定年度长远的产品开发战略、技术革新战略等。
　　(3)后勤管理子系统。
　　后勤管理子系统主要负责对采购、收货、发货和库存控制等方面进行管理。
　　在运行控制及业务处理方面的主要工作是对多余和短缺物资的品种、数量和原因等情况进行分析，采购定货、收货报告、各种进出库单据、脱库和超库项目、库存营业额以及购货申请单等数据的分析。
　　在管理控制方面的主要工作是将库存水平、采购成本、供应计划执行和库存营业额等各种后勤工作的实际情况与计划进行比较。
　　在战略计划方面的主要工作是制定采购战略、制定对卖主的新政策以及评价物资分配方案等内容。
　　(4)人力资源管理子系统。
　　该子系统包括人员录用、培训，考核记录，发放工资和终止聘用等。
　　在业务处理方面的主要工作是制定有关聘用条件、培训说明、人员的基本情况数据、工资变化、工时、福利及终止聘用通知等内容。
　　在运行控制方面的主要工作是完成聘用，培训、终止聘用、改变工资和发放福利等。
　　在管理控制方面的主要工作是进行实际情况与计划比较，产生各种报告和分析结果，用以说明在岗工人的数量、招工费用、技术专长的构成，应付工资、工资率分配以及是否符合政府就业政策等。
　　在战略计划方面的主要工作是对招工、工资、培训、福利以及绩效评估等各种策略方案的评价，以及对就业制度、教育情况、地区工资率的变化及对聘用和留用人员的分析。
　　(5)财务会计管理子系统。
　　在运行控制及业务处理方面的主要工作是分类、汇总每天的单据，提出差错和异常情况的报告，以及延迟处理的报告和未处理业务的报告等。
　　在管理控制方面的主要工作是对预算和成本数据的计划执行情况进行分析和比较，处理会计数据的成本和差错率等。
　　在战略计划方面的主要工作是财务保证的长远计划、资金筹措计划、减少税收影响的长期计划以及成本会计和预算系统的计划，并且还要制定财会政策。
　　(6)信息处理子系统。
　　信息处理子系统主要负责与其他子系统的沟通联系，保证企业对各种信息的需求。
　　在运行控制及业务处理方面的主要工作是日常工作任务的调度、分析差错率、设备利用率和设备故障、控制新项目的开发进度和调试时间、处理请求、收集整理数据、对数据和程序的修改变动提出申请、对硬件和软件的故障提出报告以及规划建议等。
　　在管理控制方面的主要工作是将计划和实际执行情况进行分析比较，如设备成本、开发人员水平、新项目的进度和计划的对比等。
　　在战略计划方面的主要工作是确定组织功能的集散度、信息系统的总体规划、硬软件系统的总体结构等内容。
　　(7)高层管理子系统。
　　高层管理子系统主要是为每个组织的*6领导层(如公司总经理和各职能区域的副总经理等)提供服务。
　　在业务处理方面的主要工作是查询信息和支持决策、编写文件和信件便笺、向公司其他部门发送指令。
　　在管理控制方面的主要工作是提供会议时间表、控制会议进展、管理各类文件、负责各功能子系统执行计划的总结和计划的比较等。
　　在战略计划方面的主要工作是关注公司的发展方向和长远规划，并且为其他职能部门的战略计划制定总的目标。
　　高层战略计划的决策必须依靠来源广泛的、综合性高的内部和外部信息的支持，包括数据检索和分析，以及决策支持系统。它所需要的外部信息可能包括竞争者的信息、区域经济指数、顾客喜好、提供的服务质量。
　　3.技术结构。
　　技术结构可以从软件结构和硬件结构两个方面考察。
　　(1)软件结构。支持管理系统各种功能的软件系统或软件模块所组成的系统结构，是管理信息系统的软件结构。
　　(2)硬件结构。管理信息系统的硬件结构是指系统的硬件组成部分、物理性能、连接方式。构成一个信息系统的硬件一般有计算机设备、通信设备和与计算机相连接的其他外部设备。