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合资企业是股权式合营企业，合作企业则是契约式合营企业。在中外投资者的关系上，合资企业是由外方和中方共同投资建立的公司，强调“四共”原则，即共同投资、共同管理、共享利润、共担风险和亏损。而合作企业，强调意思自治，中外合作双方只要对于投资条件、管理方式、收益分配、风险负担等事项达成合同约定即可，并不强调一定要按“四共”原则来处理合作者之间的关系。
根据《中华人民共和国中外合资经营企业法》、《中华人民共和国中外合作经营企业法》等法律法规的具体规定，二者不同点为：
1、法定组织形式不相同：合资企业必须设立有限责任公司，具有法人资格；而合作企业既可设立具有法人资格的合作企业，即有限责任公司；也可设立非法人合作企业，不具有法人资格。
2、申请设立的审批期限不同：合资企业的设立审批期限是三个月，而合作企业的审批期限则是45天。
3、申请设立时报送文件的主体不同：合资企业申请设立时须由中外合资双方共同向审批机关报送文件；而合作企业设立时向审查批准机关报送文件的是中国合作者单方。
4、审批机关不予批准的情形不同：
合资企业审批时不予批准的情形为：
（1）有损中国主权的；
（2）违反中国法律的；
（3）不符合中国国民经济发展要求的；
（4）造成环境污染的；
（5）签订的协议、合同、章程显属不公平，损害合营一方权益的。
合作企业审批时不予批准的情形为：
（1）损害国家主权或者社会公共利益的；
（2）危害国家安全的；
（3）对环境造成污染损害的；
（4）有违反法律、行政法规或者国家产业政策的其他情形的。
5、利润分享和分担风险的比例依据不同：合资企业中中外双方按照注册资本出资比例分享利润、分担风险及亏损。而在合作企业中利润分享和风险分担的比例是通过合同约定的。
6、经营管理方式不同：合资企业只能采取董事会制，以董事会为*6权力机构，下设总经理对合资企业进行经营管理。而合作企业的管理方式一般可区分为下列三种：
（1）组成法人，采取董事会制，下设总经理；
（2）不组成法人而采取联合管理制，一般设联合管理委员会，设主任、副主任；
（3）委托管理制，合作企业成立后，一方可委托另一方管理或双方共同委托第三方进行管理。但委托第三方经营管理的，必须经合作企业董事会或者联合管理委员会一致同意，报审查批准机关批准，并向工商行政管理机关办理变更登记手续。
7、董事的任期不同：合资企业的董事任期是4年，而合作企业中董事或联合管理委员会委员任期不得超过3年,但均可连任。
8、需要董事会会议或联合管理委员会会议一致通过才能做出决议的事项不同：
合资企业中需要董事会会议一致通过的事项有：
（1）合资企业章程的修改；
（2）合资企业的中止、解散；
（3）合资企业注册资本的增加、减少；
（4）合资企业的合并、分立。
合作企业中需要董事会会议或者联合管理委员会会议一致通过的事项有：
（1）合作企业章程的修改；
（2）合作企业注册资本的增加或者减少；
（3）合作企业的解散；
（4）合作企业的资产抵押；
（5）合作企业合并、分立和变更组织形式；
（6）合作企业需要委托中外合作者以外的他人经营管理的；
（7）合作各方约定由董事会会议或者联合管理委员会会议一致通过方可做出决议的其他事项。
9、可否先行回收投资：合资企业不允许中方或外方投资者先行收回投资。而合作企业中，若中外合作双方在合作企业合同中约定合作期限届满时合作企业的全部固定资产无偿归中国合作者所有的，可在合同中约定外国合作者在合作期限内先行收回投资。合作企业合同约定外国合作者在缴纳所得税前回收投资的，必须向财政税务机关提出申请，由财政税务机关依照国家有关税收的规定审查批准。
综合以上分析，合资企业强调资合性，合资各方按照股权比例共同管理企业。而合作企业强调意思自治，主要通过合作各方的合同约定实现对企业的经营与管理。
高顿网校小编赠言：向着目标奔跑，何必在意折翼的翅膀，只要信心不死，就看的见方向，顺风适合行走，逆风更适合飞翔，人生路上什么都不怕，就怕自己投降。
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