4．第四阶段：纳入预算管理阶段(1999年至今)
1999年，财政部等五部门联合下发《关于行政事业性收费和罚没收入实行“收支两条线”管理的若干规定》，将非税收入全部纳入财政专户管理，并以逐步纳入预算管理为目标，政府非税收入逐渐向纳入预算内管理的方式深化。
实际上，在1996年国务院下发《关于加强预算外资金管理的决定》(国发1996[29]号)时，就已规定从1997年1月1日起，将养路费等13项政府性基金以及地方财政部门按国家规定收取的各项税费附加纳入预算管理。
1999年以后，非税收入纳入预算管理的步伐不断加快。从2000年9月1日起，财政部又将51项行政事业性收费和政府性基金纳入预算管理，涉及资金约200亿元，进一步缩小了预算外资金收入规模。
2001年，国务院规定将公安部、*6人民法院、海关总署、工商总局、环保总局5个行政执法部门按规定收取的预算外资金收入全部纳入预算，实行收支脱钩；对国家质检总局等28个中央部门的预算外资金收入缴入财政专户，实行收支脱钩管理，编制综合财政预算。
这一阶段非税收入预算管理的特征是将预算外管理的收入逐步纳入预算内管理，实行收支脱钩，因此我们将这一阶段概括为纳入预算管理阶段。
