问：我公司只有一个分公司，按照跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法，是不是意味着分公司和总公司都要缴纳50%，如果不是，应该按照什么办法来解决。我们是不是可以和分支机构的税务机关沟通一个缴纳的比例，如果总机构的税务机关不同意，我们该如何处理？
答：根据《国家税务总局关于印发跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》的通知（国税发[2008]28号）第十九条规定，总机构和分支机构应分期预缴的企业所得税，50%在各分支机构间分摊预缴，50%由总机构预缴。总机构预缴的部分，其中25%就地入库，25%预缴入中央国库，按照财预[2008]10号文件的有关规定进行分配。
对于这样的总分机构，很多公司都认为，我的分公司规模小，根据文件规定和计算就地预缴的企业所得税很大，分支机构本身没有那么多资金，会产生一些不利因素，影响生产经营。
在实际操作时，还应该注意以下几点：
1、国税发[2008]28号文第十条规定，总机构设立具有独立生产经营职能部门，且具有独立生产经营职能部门的经营收入、职工工资和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将具有独立生产经营职能的部门视同一个分支机构，就地预缴企业所得税。
如果符合这一规定的，在分支机构间分摊预缴时，可把总机构具有生产经营的部门，算做一个分支机构。举例说明：
总机构具有生产经营能力，而且收入、资产、工资总额均能从管理部门分开核算的部门，也视为一个分支机构，这样，这个总机构在计算分摊时，就是两个分支机构了。如果总机构计算出当期应纳税所得额（不是所得税额）为1000万元：
（1）1000万元50%作为总机构预缴基数，用总部的适用税率计算出应纳企业所得税额，假如适用税率25%，
应纳税所得额为1000×50%＝500（万元）
应纳企业所得税500×25%＝125（万元）。
（2）剩下的50%也就是500万元应该在两个分支机构中分摊，根据收入、工资、资产三个因素权重比例，计算出各分支机构应分摊的应纳税所得额：
这个时候计算结果，分摊比例大小，是与三个因素有关。
假定总部视同分支机构的比例是0.8，适用税率是25%，外省分支机构是0.2，适用税率18%
（3）计算各分支机构应缴纳所得税：
1）总部的分支机构：500×0.8＝400（万元）
400×25%＝100（万元）；
2）外省的分支机构：500×0.2＝100（万元）
100×18%＝18（万元）。
国税发[2008]28号文第十条规定，具有独立生产经营职能部门与管理职能部门的经营收入、职工工资和资产总额不能分开核算的，具有独立生产经营职能的部门不得视同一个分支机构，不就地预缴企业所得税。
对于不符合视同分支机构的情况，只能各分50%了。我们建议企业，认真理解和运用文件，综合考虑，利用现行政策解决因此出现的问题。