问：在汇总纳税企业汇算清缴时，仅总机构进行汇算。
1、是指仅针对总机构应纳税所得额进行汇算还是对总机构及分支机构汇总应纳税所得额进行汇算？
2、如对汇总应纳税所得额进行汇算，各机构中享受优惠税率的机构，其优惠税额是依据该机构汇总前的应纳税所得额计算，还是汇总后按比例分配的应纳税所得额计算（此比例是指预缴分摊方法中的比例）？
答：1、《国家税务总局关于印发的通知》（国税发〔2008〕28号）第二十二条规定，总机构在年度终了后5个月内，应依照法律、法规和其他有关规定进行汇总纳税企业的所得税年度汇算清缴。各分支机构不进行企业所得税汇算清缴。
因而，汇总纳税企业进行汇算清缴是指由总机构对于总机构及分支机构汇总的应纳税所得额进行汇算清缴，执行该项汇算清缴的主体是总机构，而汇算清缴的内容及对象是总分机构汇总应纳税所得额，即您在*9个问题中的后者，“是对总机构及分支机构汇总应纳税所得额进行汇算”，而且由总机构对于年度多退少补的税额在总机构所在地进行清缴。
2、《国家税务总局关于印发的通知》第十六条规定，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照本办法第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额。
即：总分机构如处于不同税率地区，应先按上述第二十二条规定对总分机构汇算清缴其汇总应纳税所得额，各分支机构可按您在第二个问题中所提到的后者“汇总后按比例分配的应纳税所得额计算”处理，即先汇算出应纳税所得额再分别按不同税率计算各自应纳税额，然后由总机构进行多退少补。
3、分摊比例：根据《国家税务总局关于印发的通知》第二十三条规定，以上公式中分支机构仅指需要就地预缴的分支机构，该税款分摊比例按上述方法一经确定后，当年不作调整。
所以，确如您所理解，年度汇算清缴时对于汇总后的应纳税所得额在总分机构进行分摊的比例应依据预缴所得税时的分摊比例，此比例一经确定，当年不得调整。