问：我公司为一大型集团投资的子公司，部分中高级人员的工资由上级发放，成本也有上级公司列支。由我公司先垫付资金，年末结算，上级公司将垫付的资金归还我公司，我公司开具收据。上述业务均在其他应付款科目中核算。对上述收取的垫付工资款项是否要作收入并缴纳流转税。
答：流转税是指以纳税人商品生产、流通环节的流转额或者数量以及非商品交易的营业额为征税对象的一类税收。我国现行流转税包括增值税、消费税、营业税等，其以商品和劳务的流转额或交易额为计税依据。
收入，是指企业在日常活动中形成的、会导致所有者权益增加的、与所有者投入资本无关的经济利益的总流入。
首先根据是否存在雇佣关系来判断，如果子公司的高层管理人员确属上级公司人员，其工资也由上级公司负担，应视为这些中高级人员受上级公司雇佣在子公司为上级公司提供劳务，而并非为子公司提供劳务.那么子公司收取的款项属于资金往来，不属于会计、税法有关收入的定义，也不属于流转税的征税对象。因此，无须确认收入，也不应缴纳流转税。
如果子公司的中高级人员（与子公司存在雇佣关系）工资由上级公司发放，成本费用由上级公司列支，实质上是子公司为上级公司提供劳务，该收取款项应全额计入收入，并根据《营业税暂行条例实施细则》的规定，按“服务业”税目计算缴纳营业税。
同时，如果是母子公司关系，应根据《国家税务总局关于母子公司间提供服务支付费用有关企业所得税处理问题的通知》（国税发〔2008〕86号）文件的规定处理：
一、母公司为其子公司（以下简称子公司）提供各种服务而发生的费用，应按照独立企业之间公平交易原则确定服务的价格，作为企业正常的劳务费用进行税务处理。
母子公司未按照独立企业之间的业务往来收取价款的，税务机关有权予以调整。
二、母公司向其子公司提供各项服务，双方应签订服务合同或协议，明确规定提供服务的内容、收费标准及金额等，凡按上述合同或协议规定所发生的服务费，母公司应作为营业收入申报纳税；子公司作为成本费用在税前扣除。
因此，在实务中，还应考虑母、子公司之间是否签订合同，合同如何约定等。