问：银行由于内部控制制度不健全、操作程序不规范，行长操作不当，并法院判决也由银行赔偿造成的损失款项，年度列支时能否企业所得税前扣除？
因为依据国税函〔2008〕264号和624号文规定，该项损失可以税前扣除，但这两个文件是2007年度企业所得税汇算清缴补充通知。以后年度能否执行？
答：《国家税务总局关于做好2007年度企业所得税汇算清缴工作的补充通知》（国税函〔2008〕264号）、《国家税务总局关于2007年度企业所得税汇算清缴中金融企业应纳税所得额计算有关问题的通知》（国税函〔2008〕624号）仅适用2007年度的企业所得税汇算，2008年及以后不能再适用。
对于您所提及的金融企业损失处理应根据《国家税务总局关于印发的通知》（国税发〔2009〕88号）中相关规定进行处理：
第五条规定，企业实际发生的资产损失按税务管理方式可分为自行计算扣除的资产损失和须经税务机关审批后才能扣除的资产损失。
下列资产损失，属于由企业自行计算扣除的资产损失：
（一）企业在正常经营管理活动中因销售、转让、变卖固定资产、生产性生物资产、存货发生的资产损失；
（二）企业各项存货发生的正常损耗；
（三）企业固定资产达到或超过使用年限而正常报废清理的损失；
（四）企业生产性生物资产达到或超过使用年限而正常死亡发生的资产损失；
（五）企业按照有关规定通过证券交易场所、银行间市场买卖债券、股票、基金以及金融衍生产品等发生的损失；
（六）其他经国家税务总局确认不需经税务机关审批的其他资产损失。
上述以外的资产损失，属于需经税务机关审批后才能扣除的资产损失。
企业发生的资产损失，凡无法准确辨别是否属于自行计算扣除的资产损失，可向税务机关提出审批申请。
所以，贵企业需按上述规定进行税务处理，需经税务机关审批后方可进行扣除。