问：我公司有两个小型的水力发电企业甲公司和乙公司。其中，在2004年以股权收购的方式购入甲公司，以购买资产方式购入乙公司，同在一个河流流域，股权结构完全一致。因为甲、乙享受税收优惠政策的期间不一致，甲公司的期间为2003-2007年，乙公司的期间是2004-2008年（免二减三），从2009年后两个公司就只享受西部大开发的15%的优惠。为了便于管理，降低生产经营成本，我公司拟将两个公司进行合并（吸收合并），甲消失，乙承续。在新的财税[2009]59号文的规定下，如何办理，将涉及哪些税收？
答：贵公司所述情形为同一控制下的吸收合并。在合并中，公司乙为合并方，公司甲为被合并方。公司乙主要涉及契税和印花税，公司甲除了印花税，还可能会涉及其他税种。根据合并对价为股权支付还是非股权支付及支付比例具体情形进行下面处理。
主要税收问题如下：
一、营业税、增值税以及土地增值税问题。
根据《国家税务总局关于转让企业产权不征营业税问题的批复》（国税函[2002]165号）文件规定：“根据《中华人民共和国营业税暂行条例》及其实施细则的规定，营业税的征收范围为有偿提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产的行为。转让企业产权是整体转让企业资产、债权、债务及劳动力的行为，其转让价格不仅仅是由资产价值决定的，与企业销售不动产、转让无形资产的行为完全不同。因此，转让企业产权的行为不属于营业税征收范围，不应征收营业税。”
《国家税务总局关于转让企业全部产权不征收增值税问题的批复》（国税函[2002]420号）文件规定，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则的规定，增值税的征收范围为销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物。转让企业全部产权是整体转让企业资产、债权、债务及劳动力的行为，因此，转让企业全部产权涉及的应税货物的转让，不属于增值税的征税范围，不征收增值税。
《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）文件规定，在企业兼并中，对被兼并企业将房地产转让到兼并企业中的，暂免征收土地增值税。
若公司甲在整体转让过程中符合以上规定。那么，既不应征收营业税，也不征收增值税、土地增值税。
二、企业所得税。
根据《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）文件的规定，企业重组同时符合下列条件的，适用特殊性税务处理规定：
（一）具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。
（二）被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例。
（三）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。
（四）重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例。
（五）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
企业合并，企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并，可以选择按以下规定处理：
1.合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定。
2.被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。
3.可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额＝被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。
4.被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定。
对于公司甲而言，在被合并时按特殊性税务处理的规定（当然还要符合其他的规定），不用确认资产转让所得或损失，也不需要进行企业所得税的清算，全部的税务事项由公司乙承担。只不过公司甲的股东如果取得的支付对价为股权支付，计税基础要以原持有的公司甲的股份的计税基础确定。
三、契税
对于公司乙承受公司甲的房地产可免纳契税，根据《财政部、国家税务总局关于企业改制重组若干契税政策的通知》（财税[2008]175号）的规定：“两个或两个以上的企业，依据法律规定、合同约定，合并改建为一个企业，且原投资主体存续的，对其合并后的企业承受原合并各方的土地、房屋权属，免征契税。”本次重组中，公司甲不再存续，其投资主体未发生变更的，符合上述免税的规定，公司乙承受的公司甲的房地产可免缴纳契税。
四、印花税根据《财政部、国家税务总局关于企业改制过程中有关印花税政策的通知》（财税[2003]183号）的规定：
一、 关于资金账簿的印花税…
（二） 以合并或分立方式成立的新企业，其新启用的资金账簿记载的资金，凡原已贴花的部分可不再贴花，未贴花的部分和以后新增加的资金按规定贴花。
合并包括吸收合并和新设合并。分立包括存续分立和新设分立。
关于优惠，国家目前对企业重组上市都有哪些税收优惠的问题，既是上面所说的政策。比如国税函[2002]165号文以及国税函[2002]420号文、财税字[1995]48号等。在企业所得税中，根据《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）的规定，对符合特定条件的企业合并采用特殊性税务处理，以及契税中的免征契税都是国家为鼓励企业正常重组而出台的税收优惠政策。