问：2000年因城市改造的需要，甲公司一栋账面净值20万元的房产被拆迁，评估价为400万元。当年，负责拆迁安置的A房地产公司将一栋价值400万元的店面补偿给甲公司，未开具发票。甲公司按20万元入账。2009年甲公司将该店面以拍卖方式转让，交易价650万元。请问甲公司计算缴纳土地增值税时的扣除成本如何确认？能否以400万元为基础作为成本计算扣除（暂不考虑折旧等因素），企业所得税前的计税成本呢？
答：1、关于转让旧房土地增值税计算问题。
《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第六条规定，计算增值额的扣除项目：
（三）新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格；《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第七条规定，条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：
（四）旧房及建筑物的评估价格，是指在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。评估价格须经当地税务机关确认。
（五）与转让房地产有关的税金，是指在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、印花税。因转让房地产交纳的教育费附加，也可视同税金予以扣除。
2、关于评估费用可否在计算增值额时扣除的问题。
《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）规定，纳税人转让旧房及建筑物时因计算纳税的需要而对房地产进行评估，其支付的评估费用允许在计算增值额时予以扣除。对条例第九条规定的纳税人隐瞒，虚报房地产成交价格等情形而按房地产评估价格计算征收土地增值税所发生的评估费用，不允许在计算土地增值税时予以扣除。
依据上述规定，2009年甲公司转让旧房店面土地增值税增值额的计算：增值额＝出售房地产取得的收入－旧房及建筑物的评估价格（房产评估重置价×成新率）－转让房地产有关的税金（营业税、城市维护建设税、教育费附加、印花税）－房地产评估费用另外，《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）规定，纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条第（一）、（三）项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不作为加计5%的基数。
对于转让旧房及建筑物，既没有评估价格，又不能提供购房发票的，地方税务机关可以根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十五条的规定，实行核定征收。
3、关于转让置换的店面缴纳企业所得税问题。
甲公司以账面净值20万元的房产（评估价为400万元）换取拆迁安置400万元的店面，甲公司按换出的账面净值20万元入账。
《企业所得税税前扣除办法》第七条规定，纳税人的存货、固定资产、无形资产和投资等各项资产成本的确定应遵循历史成本原则。纳税人发生合并、分立和资本结构调整等改组活动，有关资产隐含的增值或损失在税收上已确认实现的，可按经评估确认后的价值确定有关资产的成本。
参照上述规定，甲公司置换的店面房产这部分资产增值380万元（400-20），若已确认为应纳税所得额，并已按税法规定缴纳税款的，可按经评估确认后的价值400万元确定有关资产的成本。否则，一律按资产的历史成本价20万元入账，在处置转让时按照历史成本价20万元作为税前扣除。