问：我是A公司的股东，目前有一个股权转让行为，具体情况如下：A公司持有B公司的股权，只有B公司的一项股权投资，且没有其他实际的生产经营活动。B公司则是一个电力生产企业，且发展前景和获利能力都很好。现在A公司的各位股东想出让持有的B公司的股权，但因政策原因，不方便直接以A公司的名义出让B公司的股权，只能出让A公司股东的股权（间接出让），但作价依据均以B公司的价值确定。现在转让价格也基本谈定，请问A公司的自然人股东如何缴纳个人所得税，是在A公司还是B公司所在地申报缴纳？
答：《个人所得税法》第八条规定，个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。个人所得超过国务院规定数额的，在两处以上取得工资、薪金所得或者没有扣缴义务人的，以及具有国务院规定的其他情形的，纳税义务人应当按照国家规定办理纳税申报。扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报。
《国家税务总局关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函[2009]285号）*9条规定，股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税（扣缴）申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。
《税收征收管理法》第六十九条规定，扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
根据上述规定，股权转让所得应由支付该笔股权转让款项的一方作为扣缴义务人，并遵循扣缴为先原则，如果扣缴义务人未履行扣缴义务，将面临罚款的风险，再由纳税人补缴税款。企业应在股权变更前完成扣缴义务，并在向工商部门办理股权变更登记手续时出示相关证明。
《国家税务总局关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函[2009]285号）规定，个人股东股权转让所得个人所得税以发生股权变更企业所在地地税机关为主管税务机关。纳税人或扣缴义务人应到主管税务机关办理纳税申报和税款入库手续。主管税务机关应按照《个人所得税法》和《税收征收管理法》的规定，获取个人股权转让信息，对股权转让涉税事项进行管理、评估和检查，并对其中涉及的税收违法行为依法进行处罚。
因而，股权转让应以发生股权变更企业所在地的地税机关为其主管税务机关，扣缴义务人应向该主管税务机关进行申报和税款入库手续，纳税人不得自行选择纳税地。