1.测试目的不同：控制测试的目的评价内部控制的有效性，实质性程序的目的是发现认定层次的重大错报
2.测试对象不同：控制测试的对象是内部控制，实质性程序的对象是财务信息，包括交易、事项，期末账户余额和财务报表的列报
3.必要性不同：控制测试不是必要程序，并非每次审计都必须实施；实质性程序属于必要程序，不能完全取消。
4.程序的性质不同：控制测试不实施分析、监盘、函证等程序，实质性程序不包括重新执行程序。
5.程序的时间不同：一般情况下，控制测试从期中开始实施，而实质性程序通常在期后执行。
6.确定程序范围的标准不同：控制测试的样本规模与注册会计师对所测试的内部控制的拟信赖程度相适应，实质性程序的样本规模应足以将检查风险降低至可接受水平。
7.证据的证明力不同：控制测试提供的证据大都属于间接证据，不能直接证明认定层次是否不存在重大错报；实质性程序获取的证据属于直接证据。
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