在预算管理体制改革的进程中，努力方向是根据事权所确定的支出责任合理界定中央与各级财政的 支出需求，按支出与收入相匹配的原则，调整各级政府的财权划分和转移支付安排，并逐步明确各级政府对收入的立法权。这就需要把预算管理改革与整体的分税分 级财政体制改革紧密结合起来，按照中央十六届五中全会“建立和健全与事权相匹配的财税体制”和“减少政府层级”的精神，在宪法和法律的动态完善中逐步调整 财政层级和政府层级。可在有条件的地方积极推行“省直管县”和“乡财县管”的改革试验，逐步形成中央、省、市县三级财政的“扁平化”框架，进而相机把地市 级和乡镇级政府转变为没有独立财政地位的上级政府派出机构，在简化层次前提下，按“一级政权，一级事权，一级财权，一级税基，一级预算，一级产权一级举债权”的思路推进省以下财政体制改革，同时健全自上而下的转移支付，完善以分税制为基础的分级财政体制（其中“一级产权”事关在配套改革中形成资产有效保值增值的地方国有资产管理体系）。
在预算编制和执行方面，今后可以考虑把支出化分为基本支出和专项支出，基本支出如人员经、公用经费实行定额分配，专项支出通过建立项目库的方式，按轻重缓急 项目排序，实行滚动预算，根据当年财力可能安排项目。这有利于确保基本支出和合理统筹兼顾项目支出。在此基础上还要加强预算执行情况的信息反馈，建立严格 的报告制度，保证预算执行的公开、透明。各单位要按规定定期向主管部门报送本单位预算执行情况的报表和详细的文字说明材料，按照规定期限，向本级政府财政 部门报送本部门预算执行情况的报表和详细的文字说明材料，各级政府要在每一预算年度内至少两次向本级人民代表大会或者其常务理事会报告本级总预算的执行情 况，下级政府要定期向上一级政府报告预算执行情况。
城市大型建筑项目编制预算时，现阶段要着重考虑部门预算的编制与预算外资金的处理问题。部门预算是反映政府各部门收支活动和财力状况的综合预算。深化部门预算改革，完善部门预算编制办法，对于规范预算管理，加强财政监督实现依法理财，具有重要意义。在实行部门预算之前，我国的预算编制是按收入类别和支出功能分类编报，比较粗略，看不出部门收支活动的完整内容，而且制定程序复杂，要在全国人民代表大会批准总预算后，再由财政部门将预算分配给各部门，落实预算时间很长。公共财政要求深化部门预算改革，逐步实施各部门预算编制的系统化、综合化，反映和协调预算内、外各类政府财力，按照社会主义市场经济条件下预算管理的要求，调整预算科目，建立起完整的专项资金项目评估机制等。
