非营利组织的预算管理层次，是指在“统一领导，分级管理”的原则指导下，按照政府财政与非营利组织的预算领拨缴销关系和非营利组织内部的机构建制而划分的预算管理等级次序。根据我国现行的行政事业单位的财务规则，非营利组织预算管理级次分为：主管预算单位、二级预算单位和基层预算单位三个级次。不同级次的预算单位具有不同的财务管理职责权限。
1．主管预算单位
主管预算单位，是指直接向同级财政部门编报预算，领拨缴销预算资金；同时，负责核定所属单位预算，向所属单位转拨预算资金的预算单位。主管预算单位也称一级预算单位。
主管预算单位的主要权限有：
(1)严格执行并指导、监督所属单位贯彻国家有关方针、政策和财务制度，维护国家财经纪律。
(2)按照规定的财务管理权限，制定有关财务管理制度及实施细则，并组织实施。
(3)按照规定向同级财政部门编报年度预算和季度、月份用(缴)款计算。审查、核定、汇编所属单位的年度预算和季度、月份用(缴)款计划。
(4)按照规定审查、汇总所属单位的财务报表，准确、完整、及时地向财政部门编报财务报表。
2．二级预算单位
二级预算单位是指向主管预算单位或者上级预算单位编报预算，领拨缴销预算资金，并负责核定所属单位预算，向所属单位转拨预算资金的预算单位。
二级预算单位的职责权限，除须向一级预算单位或者上级预算单位报送年报、季度、月份用(缴)款计划、月份财务报表、年度决算和领报财政资金外，其他职责权限与一级预算单位基本相同。
