(四)预算编制缺乏科学规范性
缺乏编制预算时所需的基础数据及其合理依据，缺乏对现有数据真实性、合理性的有效鉴定手段，缺乏对经费定额确认的科学手段。同时，多年来，我国预算科目属于粗放型模式，编制不规范，除了部分人员经费外，其他支出很难具体到单位和项目上，特别是每年编制预算时，因时间有限，收支科目只安排到类级科目，这样给预算的执行与监督带来诸多不便。
(五)预算审批存在主观性
传统的本位主义和官本位意识，造成预算审批存在主观性和长官意识，缺乏公正透明度。同时，受短期行为影响，一些地方政府更多考虑的是大建设大发展的“政绩”工程，仍然拘泥于全能型财政、官主型财政和建设型财政，在预算安排上没有充分考虑社会保障等民生支出方面。严重影响了财政资源优化配置和财政资金使用效率。
(六)预算执行缺乏严肃性
由于缺乏严格的预算执行制度，因此，对支出的控制仍力不从心，支出超预算现象没有从根本上得到解决，缺乏对预算单位和人员的有效控制。而部门预算在经过财政部门审核、汇总、分析、上报同级政府和人大批准的过程中，下达预算时基本是3月甚至4月份，时间已过了一年的四分之一。
预算批复不及时以及年度预算调整频繁，给预算单位正常经济活动带来很大困难的同时，也使预算单位变通执行预算以维持正常的经济活动。另外，现行的零基预算模式没有相应的诸如公共资源簿记制度、支出标准定额、专项支出项目数据库和财政信息控制系统等配套制度，而且零基预算模式过于陈旧，随着政府采购和国库集中支付制度改革的不断推进以及政府收支分类改革，零基预算模式下所暴露出来的如绩效与经费不配比、预算管理与资金管理、预算管理与资产管理、预算管理与财务管理、预算管理与政府采购之间缺乏衔接，资金使用绩效提升不高，预算透明度模糊等弊端日趋明显。这些问题使预算单位在执行预算过程中容易存在主观随意性。
(七)预算绩效评价体系不完善
预算着眼于短期、静态、经济效益等方面的业绩评价，未能从预算投入、过程、产出和效果来架构预算绩效评价指标并实行有效的考评制度。争项目争资金的背后是预算支出绩效评估严重滞后，管理中跑、冒、滴、漏现象普遍存在，重复建设、盲目投资、不合理购置、滥用或闲置财政资源的弊端在预算管理中屡见不鲜。
