为了进一步了解和说明我国目前综合预算状况，从审计风暴中一些数据及中美预算时间表着手。审计风暴中2007年出现了“财政部公务用车超编21台”、“国家统计局本级挪用项目支出1451.11万元”、“发改革委实有资金结余7670.48万元未纳入预算统筹安排使用”、“水利部部分单位报销假发票套现近5百万”、“证监会超预算列支人员经费1915.61万元”、“国家旅游局多发放津贴补贴244.76万元”；财政部2008年预算执行情况及其他财政收支情况审计结果显示“财政性投资评审和专项核查工作经费预算1.2亿元未纳入部门预算管理”、“安排项目预算未先消化专项资金结余1.15亿元”、“新增项目资金结余较大，平均资金结余率达47.08%”、“往来账挂账1.2亿元未纳入部门预算管理”、“事业基金1.67亿元未纳入部门预算安排”、“2711.95万元项目预算未细化，基本支出预算中包括项目支出预算2780万元”、“政府采购不规范金额1.03亿元”、“2008年，所属机关服务中心出租财政部房产取得房租收入531.93万元未实行收支两条线管理”等预算管理违规问题。20世纪80年代以来，我国推行零基预算办法。预算编制过程是各地方采取零基预算，以各部门为单位，统一编制部门、所属单位和项目的预算，将各部门预算汇总上报财政部门，并经财政部门审核批准后下达预算指标。经过不断实践与探索，出现了一些难题，直接影响其功效的发挥。从上述审计风暴中一些数据及中美预算时间表中，概括我国公共机构和非营利组织综合预算主要存在下述问题。
(一)缺乏严格统一、公正透明的预算体系
尽管我国建立了《预算法》，但《预算法》中没有明确、严格、统一的预算体系，而且随着经济社会各项改革的不断深化，加之全国各地经济社会状况各有不同，迫切需要一套严密、公正、透明的预算循环体系。从全国范围看，预算制定、审批、执行、评价整个预算程序并不顺畅，各省或市财政部门对预算单位的预算做法不一，甚至各自为政，政府预算、部门预算、乡镇及村级预算之间级级分割，预算管理混乱。
(二)预算内容缺乏全面性
受分税制财政体制缺陷的影响，我国预算把关注点放在预算内税收收入，不管预算外收入和制度外收入，与之相应的支出也一样。直接影响了政府全部财力整合与界定，从而制约了预算规范化目标的实现。
(三)预算支出结构欠优化
目前，我国仍然存在年度预算收支失衡、预算年度制与政府任期制不一，以及地区之间、城乡之间、部门之间等预算支出结构欠优化问题。2008年中央财政用于与人民群众直接相关的教育、医疗卫生、社会保障、就业、保障性住房、文化方面的民生支出合计5603.64亿元，占15.42%，中央财政用于“三农”支出5955.5亿元，占16.39%，而其中科教支出占7.6%，医疗卫生占2.3%，环境保护占2.9%，农林木占5%。这些数据表明：财政预算安排支出中包括“三农”等社会保障性支出比重偏小，与美国相比，相差甚远。
