从资金使用权角度来讲，从以“乱”为特征的“自收自支”到规范非税收入管理的提出，两权合一——即资金所有权与使用权的合二为一，一直是人们关心的问题。但是，如果两权合一，那么履行和代行政府职能的部门和单位理论上就无权可言了，没有权力却又要履行和代行政府职能，这显然不符合“权力职能相对称”的一般原则。因此，不加分析的讲两权合一，其实是从一个极端到另一个极端，不太可能真正规范政府非税收入管理。解决问题的出路在于资金使用权的分解。事实上，资金使用权可以分解为使用决策权和使用执行权，而使用决策权又可以细分为使用方向决策权、使用方式决策权和标准核定决策权；使用执行权又可分为使用项目选择执行权和产品价格选择执行权。
财政部门应该掌握政府非税收入资金的使用决策权，其中使用方向决策权主要是指由财政确定政府非税收入资金的使用方向；使用方式决策权是指由财政部门确定使用资金的方式，如规定各部门必须通过公开竞标政府采购的方式来实现政府购买支出；标准核定决策权是指由财政来核定资金使用标准，如人员经费、公用经费的标准。理论上讲，只有由财政部门掌握政府非税收入资金的使用决策权，才能真高顿证资金使用服务于正常目的从而提高资金的使用效益；从实际操作上看，资金使用决策权界定为政府财政代行也是完全可行的。
政府职能部门及其所属机构应该拥有资金使用执行权，这是其履行和代行政府职能的必然要求。资金使用执行权包括使用项目选择执行权和产品价格选择执行权。使用项目选择执行权是各部门和单位从实际需要出发选择使用项目的权力。例如，交通部门在冬天为维持正常的交通，需要清除道路上的积雪，有很多种方式可以选择，常见的有施放融雪剂、购置铲雪车或人工铲雪等等。为了履行职能，交通部门应该有权选择购买何种项目的公共物品。确定所需购买的公共产品后，如果不存在追求“自身利益”问题，交通部门可以根据“成本一定条件下，效益*5化”原则来选择“产品”，也可以根据“效益一定条件下，成本最低化”原则来选择“价格”。因此，资金使用执行权应该界定为履行和代行政府职能的各部门及其所属机构所有。
综上所述，创新政府非税收入管理体制，最为核心的问题就是通过合理界定资源配置权来实现资金所有权顺利归位。换言之，政府在对政府非税收入资金拥有所有权前提下，必须由各级财政部门来行使资金分配权和资金使用决策权。
