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丢失出口货物增值税专用发票
根据国税函[2010] 162号《关于外贸企业丢失增值税专用发票抵扣联出口退税有关问题的通知》，对外贸企业丢失增值税专用发票抵扣联办理出口退税的处理办法如下：
1、外贸企业丢失已开具增值税专用发票发票联和抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
2、外贸企业丢失已开具增值税专用发票抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票发票联复印件向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
丢失出口货物税收专用缴款书
出口企业丢失出口货物税收专用缴款书的，则须提供由供货企业所在地县级以上主管征税机关出具的有关该批货物税收专用缴款书已开具证明、以及县级以上征税机关签署意见并盖章的原税收专用缴款书复印件和供货企业所在地银行出具的该批出口货物原税收专用缴款书所列税款已入库证明，经审核无误后方可办理退税。
出口货物报关单（出口退税联）
出口企业丢失出口货物报关单（出口退税联）的，在货物出口后的六个月内可凭主管退税机关出具的补办出口货物报关单（出口退税联）证明，向海关提出补办申请。出口企业向主管退税机关申请出具补办出口货物报关单（出口退税联）证明时，应提交下列资料：
关于申请出具补办出口货物报关单（出口退税联）证明的报告；
出口收汇核销单（出口退税专用）；
出口发票；
主管退税机关要求提供的其他资料。
丢失出口收汇核销单（出口退税专用）
出口企业丢失出口收汇核销单（出口退税专用）的，可凭主管退税机关出具的补办出口收汇核销单证明，向外汇管理局提出补办申请。出口企业向主管退税机关申请出具补办出口收汇核销单证明时，应提交下列资料：
关于申请出具补办出口收汇核销单证明的报告；
出口货物报关单（出口退税联）；
出口发票；
主管退税机关要求提供的其他资料。
丢失代理出口货物证明
出口企业丢失代理出口货物证明的，应由委托方先向其主管退税机关申请出具代理出口未退税证明。委托方在向主管退税机关申请办理代理出口未退税证明时，应提交下列凭证资料：
关于申请出具代理出口未退税证明的报告；
受托方主管退税机关加盖“已办代理出口货物证明”戳记的出口货物报关单（出口退税联）；
出口收汇核销单（出口退税专用）；
代理出口协议（合同）副本及复印件；
主管退税机关要求提供的其他资料。
受托方在向主管退税机关申请补办代理出口货物证明时，应提交下列凭证资料：
关于申请出具补办代理出口货物证明的报告；
委托方主管退税机关出具的代理出口未退税证明；
受托方主管退税机关加盖“已办代理出口货物证明”戳记的出口货物报关单（出口退税联）；
出口收汇核销单（出口退税专用）；
代理出口协议（合同）副本及复印件；
主管退税机关要求提供的其他资料。
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