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创新立校
1956年，党中央发出“向现代科学进军”的号召，制定出《1956-1967年科学技术发展远景规划》，新中国的科技事业进入了快速发展阶段。当时的中国，*7技术的应用尚处在萌芽阶段，科技战线急需补充优秀的后备力量。于是，利用中国科学院自身优势创办一所培养新兴、边缘、交叉学科尖端科技人才的新型大学成为当务之急。
1958年5月9日，中科院党组向聂荣臻副总理呈递办学报告，并聘请华罗庚、钱学森、马大猷、贝时璋、严济慈、吴有训、柳大纲、赵九章、赵忠尧等一批国内科学家兼任校系[*{a}*]。
困境求进
1966年，“文革”爆发，中国科大的教学科研工作被迫停顿。1970年，迁入安徽省合肥市办学。南迁使学校仪器设备损失2/3，教师流失50%以上，教学、生活用房严重不足，截至1972年，全校讲师以上职称的教师不足百人。
1970年代中国科大东区
1975年，学校在全国范围内挑选了300多名1967-1970届毕业生，举办“回炉班”，经过两年以上的培训后补充师资。
1977年8月，中国科学院在北京召开了中国科大*9次工作会议，提出科大既要成为教学中心，又要成为科学中心，并制订了一系列拨乱反正的改革措施。
稳步发展
80年代末，科大制定大学生科研计划，设立专项科研经费，开放部分实验室供学生使用；大力发展新型工程技术学科。
1983年12月，邓小平在一份关于中国科大的报告上批示：“据我了解，科技大学办得较好，年轻人才较多，应予扶持。”
院省部签署三方重点共建中国科大协议
1984年，学校被国务院批准为“七五”期间国家重点建设的高校之一。
1992年，科大入选“211”工程。
1998年5月，科大入选“985”工程。
1999年12月，合肥经济技术学院并入中国科学技术大学。
崭新时期
自2000年至2012年，该校共有21项成果28次入选中国十大科技进展新闻、中国基础科学研究十大新闻和中国高等学校十大科技进展。
2007年国家第三批重点学科评选中，入选8个一级学科国家重点学科，其中理学6个。
2008年，理学博士点国家重点学科覆盖率达到100%，工学博士点国家重点学科覆盖率达到40%。
2012年、2013年，自然出版集团（NPG）发布《自然出版指数中国》报告，中国科大获选为中国大陆高校*9名。
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